Импорт и экспорт данных

Импортируйте данные о последовательности от общедоступных репозиториев и локальных файловых систем, включая FASTA, GenBank, GenPept, EMBL, BLAST, PDB, PFAM, ClustalW, GCG, PHYLIP, Newick и FASTQ; запишите в различные форматы, включая FASTA, PDB и Newick

Функции

fastainfoВозвратите информацию о файле FASTA
fastareadСчитайте данные из файла FASTA
fastawriteЗапишите в файл с помощью формата FASTA
genbankreadСчитайте данные из файла GenBank
getgenbankПолучите информацию о последовательности из базы данных GenBank
genpeptreadСчитайте данные из файла GenPept
getgenpeptПолучите информацию о последовательности из базы данных GenPept
emblreadСчитайте данные из файла EMBL
getemblПолучите информацию о последовательности из базы данных EMBL
pdbreadСчитайте данные из файла Банка данных белка (PDB)
pdbwriteЗапишите в файл с помощью формата Банка данных белка (PDB)
getpdbПолучите данные о структуре белка от базы данных Protein Data Bank (PDB)
fastqinfoВозвратите информацию о файле FASTQ
fastqreadСчитайте данные из файла FASTQ
fastqwriteЗапишите в файл с помощью формата FASTQ
blastreadСчитайте данные из файла отчета BLAST NCBI
getblastПолучите отчет BLAST из веб-сайта NCBI
multialignreadСчитайте несколько файл выравнивания последовательности
multialignwriteЗапишите нескольким выравнивание в файл
pfamhmmreadСчитайте данные из PFAM отформатированный HMM файл
gethmmprofПолучите профиль скрытой модели Маркова (HMM) из базы данных PFAM
gethmmtreeПолучите филогенетические древовидные данные от базы данных PFAM
gethmmalignmentПолучите несколько выравнивание последовательности, сопоставленное с профилем скрытой модели Маркова (HMM) от базы данных PFAM
phytreereadСчитайте филогенетический древовидный файл
phytreewriteЗапишите филогенетический древовидный объект в Newick-отформатированный файл

Темы

Исследование последовательности нуклеотида Используя командную строку

Начиная с последовательности ДНК вычислите статистику для содержимого нуклеотида.

Исследование последовательности нуклеотида Используя приложение Sequence Viewer

Используйте графический интерфейс для функций последовательности.

Форматы данных и базы данных

Доступ к онлайновым базам данных и репозиториям с помощью различного MATLAB® функции и импортируют данные к рабочей области для последующих анализов.

Рекомендуемые примеры