getData

Создайте структуру, содержащую подмножество данных из GTFAnnotation объект

Синтаксис

AnnotStruct = getData(AnnotObj) AnnotStruct = getData(AnnotObj,StartPos,EndPos) AnnotStruct = getData(AnnotObj,Subset) AnnotStruct = getData(___,Name,Value)

Описание

AnnotStruct = getData(AnnotObj) возвращает AnnotStruct, массив структур, содержащих данные из всех элементов в AnnotObj. Поля в структурах возврата совпадают с элементами в FieldNames свойство AnnotObj.

AnnotStruct = getData(AnnotObj,StartPos,EndPos) возвращает AnnotStruct, массив структур, содержащих данные из подмножества элементов в AnnotObj это находится в пределах каждого ссылочного диапазона последовательности, указанного StartPos и EndPos.

AnnotStruct = getData(AnnotObj,Subset) возвращает AnnotStruct, массив структур, содержащих подмножество данных из AnnotObj заданный Subset, вектор из целых чисел.

AnnotStruct = getData(___,Name,Value) возвращает AnnotStruct, массив структур, с помощью любого из входных параметров от предыдущих синтаксисов и дополнительных опций задан одним или несколькими Name,Value парные аргументы.

Входные параметры

`AnnotObj`	Объект `GTFAnnotation` класс.
`StartPos`	Неотрицательное целое число, задающее запуск области значений в каждой ссылочной последовательности в `AnnotObj`. Целочисленный `StartPos` должно быть меньше чем или равно `EndPos`.
`EndPos`	Неотрицательное целое число, задающее конец области значений в каждой ссылочной последовательности в `AnnotObj`. Целочисленный `EndPos` должен быть больше или быть равен `StartPos`.
`Subset`	Вектор из положительных равных целых чисел или меньше, чем количество записей в объекте. Используйте векторный `Subset` получать любой элемент или подмножество данных из объекта.

Аргументы name-value

Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value аргументы. Name имя аргумента и Value соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

`Reference`	Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько ссылочных последовательностей в `AnnotObj`. Только аннотации, поле ссылки которых совпадает с одним из векторов символов или строк, включены в `AnnotStruct`.
`Feature`	Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько функций в `AnnotObj`. Только аннотации, поле функции которых совпадает с одним из векторов символов или строк, включены в `AnnotStruct`.
`Gene`	Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько генов в `AnnotObj`. Только аннотации, генное поле которых совпадает с одним из векторов символов или строк, включены в `AnnotStruct`.
`Transcript`	Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько расшифровок стенограммы в `AnnotObj`. Только аннотации, поле расшифровки стенограммы которых совпадает с одним из векторов символов или строк, включены в `AnnotStruct`.
`Overlap`	Минимальное количество основных положений, которые аннотация должна перекрыть в области значений, чтобы быть включенной в `AnnotStruct`. Это значение может быть любым следующим: Положительное целое число `'full'` — Аннотация должна полностью содержаться в области значений, которая будет включена. `'start'` — Положение запуска аннотации должно лечь в области значений, которая будет включена. Значение по умолчанию: `1`

Выходные аргументы

AnnotStruct

Массив структур, содержащих данные из элементов в AnnotObj. Поля в структурах возврата совпадают с элементами в FieldNames свойство AnnotObj, и заданный GTF2.2: Генный Формат Аннотации. А именно, эти поля:

Reference
Start
Stop
Feature
Gene
Transcript
Source
Score
Strand
Frame
Attributes

Примеры

Пример 18. Получите подмножества данных из объекта GTFAnnotation

Создайте a GTFAnnotation объект с помощью отформатированного GTF файла, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox™.

GTFAnnotObj = GTFAnnotation('hum37_2_1M.gtf');

Извлеките данные об аннотации для положений 668 000 - 680 000 от ссылочной последовательности.

AnnotStruct1 = getData(GTFAnnotObj,668000,680000)

AnnotStruct1 = 

18x1 struct array with fields:
    Reference
    Start
    Stop
    Feature
    Gene
    Transcript
    Source
    Score
    Strand
    Frame
    Attributes

Извлеките первые пять аннотаций из объекта.

AnnotStruct2 = getData(GTFAnnotObj,[1:5])

AnnotStruct2 = 

5x1 struct array with fields:
    Reference
    Start
    Stop
    Feature
    Gene
    Transcript
    Source
    Score
    Strand
    Frame
    Attributes

Советы

Используя getdata создает структуру, которая обеспечивает лучший доступ к данным об аннотации, чем объект.

Можно получить доступ ко всем значениям полей в структуре.
Можно не только извлечь значения полей, но также и присвоить и удалить значения.
Можно использовать линейную индексацию, чтобы получить доступ к значениям полей определенных аннотаций. Например, можно получить доступ к значению запуска только пятой аннотации.

Темы

Сохраните и управляйте аннотациями функции в объектах

Внешние веб-сайты

GTF2.2: генный формат аннотации

Документация