getIndex

Возвратите массив индекса аннотаций от GTFAnnotation объект

Синтаксис

Idx = getIndex(AnnotObj) Idx = getIndex(AnnotObj,StartPos,EndPos) Idx = getIndex(___,Name,Value)

Описание

Idx = getIndex(AnnotObj) возвращает массив индекса Idx, массив целых чисел, содержащих индекс каждой аннотации в AnnotObj.

Idx = getIndex(AnnotObj,StartPos,EndPos) возвращает массив индекса Idx для подмножества элементов, которое находится в пределах каждого ссылочного диапазона последовательности, указанного StartPos и EndPos.

Idx = getIndex(___,Name,Value) возвращает массив индекса Idx, использование любого из входных параметров от предыдущих синтаксисов и дополнительных опций задано одним или несколькими Name,Value парные аргументы.

Входные параметры

`AnnotObj`	Объект `GTFAnnotation` класс.
`StartPos`	Неотрицательное целое число, задающее запуск области значений в каждой ссылочной последовательности в `AnnotObj`. Целочисленный `StartPos` должно быть меньше чем или равно `EndPos`.
`EndPos`	Неотрицательное целое число, задающее конец области значений в каждой ссылочной последовательности в `AnnotObj`. Целочисленный `EndPos` должен быть больше или быть равен `StartPos`.

Аргументы name-value

Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value аргументы. Name имя аргумента и Value соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

`Reference`	Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько ссылочных последовательностей в `AnnotObj`. Только индексы аннотаций, поле ссылки которых совпадает с одной из заданных ссылок, включены в `Idx`.
`Feature`	Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько функций в `AnnotObj`. Только индексы аннотаций, поле функции которых совпадает с одной из заданных функций, включены в `Idx`.
`Gene`	Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько генов в `AnnotObj`. Только аннотации, генное поле которых совпадает с одним из заданных генов, включены в `AnnotStruct`.
`Transcript`	Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько расшифровок стенограммы в `AnnotObj`. Только аннотации, поле расшифровки стенограммы которых совпадает с одной из заданных расшифровок стенограммы, включены в `AnnotStruct`.
`Overlap`	Минимальное количество основных положений, которые аннотация должна перекрыть в области значений, чтобы включать ее индекс в `Idx`. Это значение может быть любым следующим: Положительное целое число `'full'` — Аннотация должна полностью содержаться в области значений, которая будет включена. `'start'` — Положение запуска аннотации должно лечь в области значений, которая будет включена. Значение по умолчанию: `1`

Выходные аргументы

Idx

Массив целых чисел, представляющих индексы элементов в AnnotObj.

Примеры

Пример 24. Получите индексы аннотаций от объекта GTFAnnotation

Создайте a GTFAnnotation объект с помощью отформатированного GTF файла, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox™.

GTFAnnotObj = GTFAnnotation('hum37_2_1M.gtf');

Извлеките индексы аннотаций для положений 210 000 - 220 000 от ссылочной последовательности.

Idx = getIndex(GTFAnnotObj,210000,220000)

Idx =

     7
    15
    16
    17
    36
    47
    48
    49
    69
    70
    71
    89
    99
   111
   112
   113

Темы

Сохраните и управляйте аннотациями функции в объектах

Внешние веб-сайты

GTF2.2: генный формат аннотации

Документация