getIndexByKey

Класс: BioIndexedFile

Получите индексы из исходного файла, сопоставленного с объектом BioIndexedFile с помощью алфавитно-цифрового ключа

Синтаксис

Indices = getIndexByKey(BioIFobj, Key)
[Indices, LogicalVals] = getIndexByKey(BioIFobj, Key)

Описание

Indices = getIndexByKey(BioIFobj, Key) возвращает индексы записей в исходном файле, сопоставленном с BioIFobj, объект BioIndexedFile. Это возвращает индексы записей, которым задал ключи Key, вектор символов или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько алфавитно-цифровых ключей. Это возвращает Indices, числовой вектор из индексов записей, которым задал алфавитно-цифровые ключи Key. Если ключи в исходном файле не уникальны, он возвращает все индексы записей, которые совпадают с заданным ключом, всеми в положении ключа в Key cellArray. Если ключи в исходном файле уникальны, существует непосредственное отношение между номером и порядком элементов в Key и выход Indices.

[Indices, LogicalVals] = getIndexByKey(BioIFobj, Key) возвращает логический вектор, который указывает только на последнее соответствие для каждого ключа, такого, что существует непосредственное отношение между номером и порядком элементов в Key и Indices(LogicalVals).

Входные параметры

BioIFobj

Объект BioIndexedFile класс.

Key

Вектор символов или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько ключей в исходном файле, сопоставлены с BioIFobj, объект BioIndexedFile.

Выходные аргументы

Indices

Числовой вектор из индексов записей в исходном файле, которым задал алфавитно-цифровые ключи Key.

LogicalVals

Логический вектор, содержащий то же число элементов как Indices. Вектор указывает только на последнее соответствие для каждого ключа, заданного в Key, таким образом, что существует непосредственное отношение между номером и порядком элементов в Key и Indices(LogicalVals).

Совет

Некоторые файлы содержат повторенные ключи. Например, SAM-отформатированные файлы используют тот же ключ для записей, которые соединяются чтения конца. Используйте Indices(LogicalVals) синтаксис, чтобы возвратить только последний индекс повторного ключа. Для получения дополнительной информации смотрите Примеры.

Примеры

Создайте объект BioIndexedFile получить доступ к таблице, содержащей перекрестные ссылки между терминами генной онтологии (GO) и названиями генов:

% Create variable containing full absolute path of source file
sourcefile = which('yeastgenes.sgd');
% Create a BioIndexedFile object from the source file. Indicate
% the source file is a tab-delimited file where contiguous rows
% with the same key are considered a single entry. Store the
% index file in the Current Folder. Indicate that keys are
% located in column 3 and that header lines are prefaced with !
gene2goObj = BioIndexedFile('mrtab', sourcefile, '.', ...
                            'KeyColumn', 3, 'HeaderPrefix','!')

Возвратите индексы для записей в исходном файле, которые заданы ключами AAC1 и AAD10.

% Access indices for entries that have the keys AAC1 and AAD10
indices = getIndexByKey(gene2goObj, {'AAC1' 'AAD10'})
indices =

           3
				 5

Создайте объект BioIndexedFile получить доступ к SAM-отформатированному файлу, который повторил ключи.

% Create variable containing full absolute path of source file
samsourcefile = which('ex1.sam');
% Create a BioIndexedFile object from the source file. Store the
% index file in the Current Folder. 
samObj = BioIndexedFile('sam', samsourcefile, '.')

Возвратите только последние индексы для записей в исходном файле, которые заданы двумя ключами, 'B7_593:7:15:244:876 и EAS56_65:4:296:78:421, оба из которых являются повторными ключами.

% Return all indices for entries that have two specific keys
[Indices, LogicalVal] = getIndexByKey(samObj, ...
                  {'B7_593:7:15:244:876', 'EAS56_65:4:296:78:421'})
Indices =

        3058
        3238
        3292
        3293

LogicalVal =

     0
     1
     0
     1
% Return only the last index for each key
LastIndices = Indices(LogicalVal)
LastIndices =

        3238
        3293

Советы

Используйте этот метод, чтобы определить индексы определенных записей с известными ключами.