Создайте Newick-отформатированный вектор символов
nwk = getnewickstr(Tree)
getnewickstr(..., 'PropertyName', PropertyValue,...)
getnewickstr(..., 'Distances', DistancesValue)
getnewickstr(..., 'BranchNames', BranchNamesValue)
Tree | Объект Phytree создается с функцией phytree. |
DistancesValue | Свойство управлять включая или, исключая расстояния в выходе. Введите любой true (включайте расстояния), или false (исключите расстояния). Значением по умолчанию является true. |
BranchNamesValue | Свойство управлять включая или, исключая ветвь называет в выходе. Введите любой true (включайте имена ветви), или false (исключите имена ветви). Значением по умолчанию является false. |
nwk = getnewickstr(Tree)Tree).
getnewickstr(..., ' задает дополнительные свойства с помощью имени свойства / пары значения.PropertyName', PropertyValue,...)
getnewickstr(..., 'Distances', , когда DistancesValue)DistancesValue false, исключает расстояния от выхода.
getnewickstr(..., 'BranchNames', , когда BranchNamesValue)BranchNamesValue true, включает имена ветви в выход.
Создайте некоторые случайные последовательности.
seqs = int2nt(ceil(rand(10)*4));
Вычислите попарные расстояния.
dist = seqpdist(seqs,'alpha','nt');
Создайте филогенетическое дерево.
tree = seqlinkage(dist);
Получите Newick-отформатированный вектор символов.
nwk = getnewickstr(tree)
Информация о формате дерева Newick.
phytree | phytreeread | phytreeviewer | phytreewrite | seqlinkage | get | getbyname | getcanonical