Синтаксис

Аргументы

Описание

Tree = phytree(B) создает ультраметрический филогенетический древовидный объект. В ультраметрическом филогенетическом древовидном объекте все листы являются тем же расстоянием от корня.

B числовой массив размера [NUMBRANCHES X 2] в котором каждая строка представляет ветвь дерева, и это содержит два указателя на ветвь или вершины, которые являются ее дочерними элементами.

Вершины пронумерованы от 1 к NUMLEAVES и узлы ветви пронумерованы от NUMLEAVES + 1 к NUMLEAVES + NUMBRANCHES. Обратите внимание на то, что, потому что только двоичные деревья позволены, NUMLEAVES = NUMBRANCHES + 1.

Ветви заданы в хронологическом порядке (например, B(i,:) > NUMLEAVES + i). Как следствие первая строка может только иметь указатели на листы, и последняя строка должна представлять корневую ветвь. Родительско-дочерние расстояния установлены в 1, если дочерний элемент не является листом и удовлетворить ультраметрическому условию дерева, его расстояние увеличено.

Учитывая дерево с тремя листами и двумя ветвями как пример.

В MATLAB^® Командное окно, ввести

B = [1 2 ; 3 4]

 B =

     1     2
     3     4

tree = phytree(B)

 Phylogenetic tree object with 3 leaves (2 branches)

view(tree)

Tree = phytree(B, D) создает дополнение (ультраметрика или nonultrametric) филогенетический древовидный объект с расстояниями ветви, заданными DD числовой массив размера [NUMNODES X 1] с расстояниями каждого дочернего узла (лист или ветвь) к ее родительской ветви равняются NUMNODES = NUMLEAVES + NUMBRANCHES. Последнее расстояние в D расстояние корневого узла и бессмысленно.

b = [1 2 ; 3 4 ]

b =

     1     2
     3     4

d = [1; 2; 1.5; 1; 0]

d =

    1.0000
    2.0000
    1.5000
    1.0000
         0

view(phytree(b,d))

Tree = phytree(B, C) создает ультраметрический филогенетический древовидный объект с расстояниями между ветвями и листами, заданными CC числовой массив размера [NUMBRANCHES X 1], который содержит расстояние от каждой ветви до листов. В ультраметрических деревьях все листы в том же местоположении (то же расстояние до корня).

b = [1 2 ; 3 4]

b =

     1     2
     3     4

c = [1 4]'

c =

     1
     4

view(phytree(b,c))

Tree = phytree(BC) создает ультраметрический филогенетический объект двоичного дерева с указателями ветви в BC(:,[1 2]) и ветвь координирует в BC(:,3). То же самое как phytree(B,C).

Tree = phytree(..., N) задает имена для листов и/или ветвей. N вектор строки или массив ячеек из символьных векторов. Если NUMEL(N)==NUMLEAVES, затем имена присвоены хронологически листам. Если NUMEL(N)==NUMBRANCHES, имена присвоены узлам ветви. Если NUMEL(N)==NUMLEAVES + NUMBRANCHES, все узлы называют. Неприсвоенное значение по умолчанию имен к 'Leaf #' и/или 'Branch #' как требуется.

Tree = phytree создает пустой филогенетический древовидный объект.

Смотрите также

phytreeread | phytreeviewer | phytreewrite | seqlinkage | seqneighjoin | seqpdist | cluster | get | getbyname | getcanonical | getmatrix | getnewickstr | pdist | plot | prune | reroot | select | subtree | view | weights