Exponenta Banner

seqlinkage

Создайте филогенетическое дерево из попарных расстояний

свернуть все на странице

Синтаксис

PhyloTree = seqlinkage(Distances)
PhyloTree = seqlinkage(Distances, Method)
PhyloTree = seqlinkage(Distances, Method, Names)

Аргументы

Distances

Матрица или вектор из попарных расстояний, такой, как возвращено seqpdist функция.

Method

Вектор символов или строка, которая задает метод расстояния. Выбор:

  • 'single'

  • 'complete'

  • 'average' (значение по умолчанию)

  • 'weighted'

  • 'centroid'

  • 'median'

Names

Задает альтернативные метки для вершин. Выбор:

  • Вектор из структур, каждого с Header или Name поле

  • Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки

Элементы должны быть уникальными. Число элементов должно выполнить количество отсчетов, используемое, чтобы сгенерировать попарные расстояния в Dist.

Описание

PhyloTree = seqlinkage(Distances) возвращает филогенетический древовидный объект в попарные расстояния, Distances, между разновидностями или продуктами. Distances матрица или вектор из попарных расстояний, такой, как возвращено seqpdist функция.

PhyloTree = seqlinkage(Distances, Method) создает филогенетический древовидный объект с помощью заданного принадлежащего отцам церкви метода расстояния. Доступные методы:

'single'

Самое близкое расстояние (один метод рычажного устройства)

'complete'

Самое далекое расстояние (завершают метод рычажного устройства),

'average' (значение по умолчанию)

Невзвешенное Парное Среднее значение Группового метода (UPGMA, среднее значение группы).

'weighted'

Взвешенное парное среднее значение группового метода (WPGMA)

'centroid'

Невзвешенный парный центроид группового метода (UPGMC)

'median'

Взвешенный парный центроид группового метода (WPGMC)

PhyloTree = seqlinkage(Distances, Method, Names) передает список уникальных имен, чтобы пометить вершины (например, разновидности или продукты) в филогенетическом древовидном объекте.

Примеры

свернуть все

Скрипт Open Live Script

Создайте массив структур, представляющих выравнивание кратного аминокислот: 

seqs = fastaread('pf00002.fa');

Измерьте Jukes-Cantor попарные расстояния между последовательностями: 

distances = seqpdist(seqs,'method','jukes-cantor','indels','pair');

Создайте филогенетическое дерево для выравнивания последовательности нескольких от расчетных попарных расстояний. Задайте метод, чтобы вычислить расстояния новых узлов ко всем другим узлам. Обеспечьте листовые имена:

phylotree = seqlinkage(distances,'single',seqs)
    Phylogenetic tree object with 32 leaves (31 branches)

Просмотрите филогенетическое дерево: 

view(phylotree)

Figure Phylogenetic Tree 1 contains an axes object. The axes object contains 70 objects of type line.

Вопросы совместимости

развернуть все

Поведение изменяется в R2017b

Смотрите также

| | | | | |

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка