multialignread

Считайте несколько файл выравнивания последовательности

Синтаксис

S = multialignread(File)
[Headers, Sequences] = multialignread(File)
... = multialignread(File, 'IgnoreGaps', IgnoreGapsValue)
... = multialignread(File, 'TimeOut', TimeOutValue)

Входные параметры

File

Несколько упорядочивают файл выравнивания, заданный одним из следующего:

  • Имя файла или путь и имя файла

  • URL, указывающий на файл

  • MATLAB® символьный массив, который содержит текст файла выравнивания последовательности кратного

Можно считать типы файлов выравнивания последовательности общего множителя, такие как ClustalW (.aln), GCG (.msf), и PHYLIP.

IgnoreGapsValueСредства управления, удаляющие символы разрыва, такие как '-' или '.', от последовательностей. Выбором является true или false (значение по умолчанию).
TimeOutValueТайм-аут связи в секундах в виде положительной скалярной величины. Значение по умолчанию равняется 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь.

Выходные аргументы

S

Массив структур MATLAB, содержащий следующие поля:

  • Header — Информация о заголовке из файла.

  • Sequence — Аминокислота или последовательности нуклеотида.

Headers

Массив ячеек, содержащий информацию о заголовке из файла.

Sequences

Массив ячеек, содержащий аминокислоту или последовательности нуклеотида.

Описание

S = multialignread(File) файл выравнивания последовательности кратного чтений. Файл содержит несколько линий последовательности, которые запускаются с заголовка последовательности, сопровождаемого дополнительным номером (не используемый multialignread) и раздел последовательности. Несколько последовательностей повреждаются в блоки с тем же количеством блоков для каждой последовательности. Чтобы просмотреть пример, несколько упорядочивают файл выравнивания, вводят open aagag.aln в командной строке MATLAB.

Выход, S, массив структур где S.Header содержит информацию о заголовке и S.Sequence содержит последовательности нуклеотида или аминокислота.

[Headers, Sequences] = multialignread(File) читает файл в отдельные переменные, Headers и Sequences, которые являются массивами ячеек, содержащими информацию о заголовке и аминокислоту или последовательности нуклеотида, соответственно.

... = multialignread(File, 'IgnoreGaps', IgnoreGapsValue) управляет удалением любого символа разрыва, такого как '-' или '.', от последовательностей. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

... = multialignread(File, 'TimeOut', TimeOutValue) устанавливает тайм-аут связи (в секундах) считывать данные из удаленного файла или URL.

Примеры

Считайте выравнивание последовательности кратного полибелка затычки для нескольких деформаций HIV.

gagaa = multialignread('aagag.aln')

gagaa = 

1x16 struct array with fields:
    Header
    Sequence

Смотрите также

| | | | | | |

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте