Получите несколько выравнивание последовательности, сопоставленное с профилем скрытой модели Маркова (HMM) от базы данных PFAM
AlignStruct = gethmmalignment(PFAMName)
AlignStruct = gethmmalignment(PFAMAccessNumber)
AlignStruct = gethmmalignment(PFAMNumber)
AlignStruct = gethmmalignment(...,
'ToFile', ToFileValue, ...)
AlignStruct = gethmmalignment(...,
'Type', TypeValue, ...)
AlignStruct = gethmmalignment(...,
'IgnoreGaps', IgnoreGaps, ...)
AlignStruct = gethmmalignment(...,
'TimeOut', TimeOutValue, ...)
PFAMName | Вектор символов, задающий имя семейства белков (уникальный идентификатор) HMM, профилирует запись в базе данных PFAM. Например, '7tm_2'. |
PFAMAccessNumber | Вектор символов, задающий инвентарный номер семейства белков HMM, профилирует запись в базе данных PFAM. Например, 'PF00002'. |
PFAMNumber | Целое число, задающее количество семейства белков HMM, профилирует запись в базе данных PFAM. Например, 2 номер семейства белков для семейства белков PF00002. |
ToFileValue | Вектор символов, задающий имя файла или путь и имя файла для того, чтобы сохранить данные. Если вы зададите только имя файла, тот файл будет сохранен в MATLAB® Текущая папка. |
TypeValue | Вектор символов, который задает набор возвращенных выравниваний. Выбор:
|
IgnoreGapsValue | Управляет удалением символов - и . от последовательности. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
TimeOutValue | Тайм-аут связи в секундах в виде положительной скалярной величины. Значение по умолчанию равняется 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь. |
AlignStruct | Массив структур MATLAB, содержащий несколько, упорядочивает выравнивание, сопоставленное с профилем HMM. |
AlignStruct = gethmmalignment(PFAMName)PFAMName, имя семейства белков, получает выравнивание последовательности нескольких, сопоставленное с профилем HMM, и возвращает AlignStruct, массив структур MATLAB, с каждой структурой, содержащей следующие поля:
| Поле | Описание |
|---|---|
Header | Имя белка |
Sequence | Последовательность белка |
AlignStruct = gethmmalignment(PFAMAccessNumber)PFAMAccessNumber, инвентарный номер семейства белков, получает выравнивание последовательности нескольких, сопоставленное с профилем HMM, и возвращает AlignStruct, массив структур MATLAB.
AlignStruct = gethmmalignment(PFAMNumber)PFAMNumber, целое число, ищет базу данных PFAM связанную запись профиля HMM, получает выравнивание последовательности нескольких, сопоставленное с профилем HMM, и возвращает AlignStruct, массив структур MATLAB.
AlignStruct = gethmmalignment (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...)gethmmalignment с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
сохраняет данные, возвращенные от базы данных PFAM до файла, заданного AlignStruct = gethmmalignment(...,
'ToFile', ToFileValue, ...)ToFileValue.
Примечание
Можно считать FASTA-отформатированный файл, содержащий данные PFAM назад в программное обеспечение MATLAB с помощью fastaread функция.
AlignStruct = gethmmalignment(...,
'Type', TypeValue, ...)
'full' — Значение по умолчанию. Возвращает все последовательности, которые соответствуют профилю HMM.
'seed' — Возвращается только последовательности раньше генерировали профиль HMM.
AlignStruct = gethmmalignment(...,
'IgnoreGaps', IgnoreGaps, ...)- и . от последовательности. Выбором является true или false (значение по умолчанию).
AlignStruct = gethmmalignment(...,
'TimeOut', TimeOutValue, ...)
Получать выравнивание кратного последовательностей раньше обучало профиль HMM глобальному выравниванию к 7-трансмембранному белку приемника в семействе секретинов, введите:
pfamalign = gethmmalignment('PF00002','Type','seed')
pfamalign =
29×1 struct array with fields:
Header
Sequencefastaread | gethmmprof | gethmmtree | multialignread | multialignwrite | pfamhmmread