saminfo

Возвратите информацию о файле SAM

Синтаксис

InfoStruct = saminfo(File)
InfoStruct = saminfo(File,Name,Value)

Описание

InfoStruct = saminfo(File) возвращает MATLAB® структура, содержащая итоговую информацию о SAM-отформатированном файле.

InfoStruct = saminfo(File,Name,Value) возвращает структуру MATLAB с дополнительными опциями, заданными одним или несколькими Name,Value парные аргументы.

Входные параметры

File

Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла SAM-отформатированного файла. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB или в Текущей папке.

Аргументы name-value

Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value аргументы. Name имя аргумента и Value соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

NumOfReads

Логический, который управляет включением NumReads поле в InfoStruct, структура output.

Примечание

Установка NumOfReads к true может значительно увеличить время, чтобы создать структуру output.

По умолчанию: false

ScanDictionary

Логический, который управляет сканированием SAM-отформатированного файла, чтобы определить ссылочные имена и количество чтений, выровненных к каждой ссылке. Если true, ScannedDictionary и ScannedDictionaryCount поля содержат эту информацию.

По умолчанию: false

Выходные аргументы

InfoStruct

Структура MATLAB, содержащая итоговую информацию о SAM-отформатированном файле. Структура содержит эти поля.

Поле Описание
FilenameИмя SAM-отформатированного файла.
FilePathПуть к файлу.
FileSizeРазмер файла в байтах.
FileModDateДата модификации файла.
NumReads*Количество последовательности читает в файле.
ScannedDictionary*Массив ячеек из символьных векторов, задающий имена ссылочных последовательностей в SAM-отформатированном файле.
ScannedDictionaryCount*Массив ячеек, задающий количество чтений, выровненных к каждой ссылочной последовательности.
Header**Структура, содержащая версию формата файла, порядок сортировки и порядок группы.
SequenceDictionary**

Структура, содержащая:

  • Имя последовательности

  • Длина последовательности

  • Идентификатор блока генома

  • Контрольная сумма MD5 последовательности

  • URI последовательности

  • Разновидности

ReadGroup**

Структура, содержащая:

  • Считайте идентификатор группы

  • Выборка

  • Библиотека

  • Описание

  • Модуль платформы

  • Предсказанный средний размер вставки

  • Секвенирование центра

  • Дата

  • Платформа

Program**

Структура, содержащая:

  • Название программы

  • Версия

  • Командная строка

* — NumReads поле пусто, если вы не устанавливаете NumOfReads аргумент пары "имя-значение" true. ScannedDictionary и ScannedDictionaryCount поля пусты, если вы не устанавливаете ScanDictionary аргумент пары "имя-значение" true.

** — Эти структуры и их поля появляются в структуре output, только если они находятся в файле SAM. Информация в этих структурах зависит от информации в файле SAM.

Примеры

Возвратите информацию о ex1.sam файл включал с Bioinformatics Toolbox™:

info = saminfo('ex1.sam')
info = 

                  Filename: 'ex1.sam'
                  FilePath: [1x89 char]
                  FileSize: 254270
               FileModDate: '12-May-2011 14:23:25'
                    Header: [1x1 struct]
        SequenceDictionary: [1x1 struct]
                 ReadGroup: [1x2 struct]
                  NumReads: []
         ScannedDictionary: {0x1 cell}
    ScannedDictionaryCount: [0x1 uint64]

Возвратите информацию о ex1.sam файл включая количество чтений последовательности:

info = saminfo('ex1.sam','numofreads', true)
info = 

                  Filename: 'ex1.sam'
                  FilePath: [1x89 char]
                  FileSize: 254270
               FileModDate: '12-May-2011 14:23:25'
                    Header: [1x1 struct]
        SequenceDictionary: [1x1 struct]
                 ReadGroup: [1x2 struct]
                  NumReads: 1501
         ScannedDictionary: {0x1 cell}
    ScannedDictionaryCount: [0x1 uint64]

Советы

Использование saminfo исследовать размер и содержимое файла SAM перед использованием samread функционируйте, чтобы считать содержимое файла в структуру MATLAB.

Смотрите также

| | | | | | | | | |

Темы

Внешние веб-сайты

Введен в R2010a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте