Считайте данные из файла SFF
SFFStruct = sffread(File)
sffread(..., 'Blockread', BlockreadValue,
...)
sffread(..., 'Feature', FeatureValue,
...)
SFFStruct = sffread(File)
sffread (..., ' вызовы PropertyName', PropertyValue, ...)sffread с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Заключите каждый PropertyName в одинарных кавычках. Каждый PropertyName является нечувствительным к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
sffread(..., 'Blockread', читает одну запись последовательности или блок записей последовательности из файла SFF, содержащего несколько последовательностей. BlockreadValue,
...)
sffread(..., 'Feature', указывает информацию, чтобы включать в структуру возврата.FeatureValue,
...)
|
Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла файла SFF, производятся версией 1.0 Системного программного обеспечения анализа данных Секвенсера Генома от 454 Наук о жизни®. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB или в текущей папке. |
|
Скаляр или вектор, который управляет чтением одной записи последовательности или блоком записей последовательности из файла SFF, содержащего несколько последовательностей. Введите скалярный |
|
Вектор символов или строка, указывающая информацию, чтобы включать в структуру output. Вектор символов или строка включают буквы от алфавита Значение по умолчанию: |
|
Массив структур, содержащих информацию из файла SFF. Существует одна структура для каждого чтения или записи в файле. Каждая структура содержит один или несколько следующих полей.
|
Файл SFF, SRR013472.sff, используемый в этих примерах не предоставлен программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™. Можно загрузить демонстрационные файлы SFF с:
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/
Считайте целый файл SFF:
% Read the contents of an entire SFF file into an
% array of structures
reads = sffread('SRR013472.sff')
reads =
3546x1 struct array with fields:
Header
Sequence
QualityСчитайте блок записей из файла SFF:
% Read only the header and sequence information of the
% first five reads from an SFF file into an array of structures
reads5 = sffread('SRR013472.sff', 'block', [1 5], 'feature', 'hs')
reads5 =
5x1 struct array with fields:
Header
Sequence
fastqread | fastqwrite | fastqinfo | fastainfo | fastaread | fastawrite | sffinfo | saminfo | samread