sffread

Считайте данные из файла SFF

Синтаксис

SFFStruct = sffread(File)
sffread(..., 'Blockread', BlockreadValue, ...)
sffread(..., 'Feature', FeatureValue, ...)

Описание

SFFStruct = sffread(File) читает файл Стандартного формата Flowgram (SFF) и возвращает данные в MATLAB® массив структур.

sffread (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызовы sffread с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Заключите каждый PropertyName в одинарных кавычках. Каждый PropertyName является нечувствительным к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

sffread(..., 'Blockread', BlockreadValue, ...) читает одну запись последовательности или блок записей последовательности из файла SFF, содержащего несколько последовательностей.

sffread(..., 'Feature', FeatureValue, ...) указывает информацию, чтобы включать в структуру возврата.

Входные параметры

File

Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла файла SFF, производятся версией 1.0 Системного программного обеспечения анализа данных Секвенсера Генома от 454 Наук о жизни®. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB или в текущей папке.

BlockreadValue

Скаляр или вектор, который управляет чтением одной записи последовательности или блоком записей последовательности из файла SFF, содержащего несколько последовательностей. Введите скалярный N, считать Nзапись th в файле. Введите вектор 1 на 2 [M1, M2], чтобы считать блок записей, запускающихся в M1 запись и заканчивающийся в M2 запись. Считать все остающиеся записи в файле, запускающемся в M1 запись, введите положительное значение для M1 и введите Inf для M2.

FeatureValue

Вектор символов или строка, указывающая информацию, чтобы включать в структуру output. Вектор символов или строка включают буквы от алфавита HSQCF, и I, которые представляют поля Header, Sequence, Quality, Clipping, FlowgramValue, и FlowgramIndex, соответственно.

Значение по умолчанию: 'HSQ'

Выходные аргументы

SFFStruct

Массив структур, содержащих информацию из файла SFF. Существует одна структура для каждого чтения или записи в файле. Каждая структура содержит один или несколько следующих полей.

Поле Описание
HeaderУниверсальный инвентарный номер.
SequenceЧисловое представление последовательности нуклеотида.
QualityКачественные баллы на основу.
ClippingУсечение граничных положений.
FlowgramValueПоследовательность flowgram значений интенсивности.
FlowgramIndexПоследовательность flowgram индексов интенсивности.

Примеры

Файл SFF, SRR013472.sff, используемый в этих примерах не предоставлен программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™. Можно загрузить демонстрационные файлы SFF с:

https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/

Считайте целый файл SFF:

% Read the contents of an entire SFF file into an
% array of structures
reads = sffread('SRR013472.sff')

reads = 

3546x1 struct array with fields:
    Header
    Sequence
    Quality

Считайте блок записей из файла SFF:

% Read only the header and sequence information of the
% first five reads from an SFF file into an array of structures
reads5 = sffread('SRR013472.sff', 'block', [1 5], 'feature', 'hs')

reads5 = 

5x1 struct array with fields:
    Header
    Sequence

Смотрите также

| | | | | | | |

Внешние веб-сайты

Представленный в R2009b