Считайте данные из файла FASTQ
FASTQStruct = fastqread(File)
[Header, Sequence]
= fastqread(File)
[Header, Sequence, Qual]
= fastqread(File)
fastqread(..., 'Blockread', BlockreadValue,
...)
fastqread(..., 'HeaderOnly', HeaderOnlyValue,
...)
fastqread(..., 'TrimHeaders', TrimHeadersValue,
...)
FASTQStruct = fastqread(File)
[ возвращает только заголовок и данные о последовательности в двух отдельных переменных.Header, Sequence]
= fastqread(File)
[ возвращает данные в трех отдельных переменных.Header, Sequence, Qual]
= fastqread(File)
fastqread (..., ' вызовы PropertyName', PropertyValue, ...)fastqread с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Заключите каждый PropertyName в одинарных кавычках. Каждый PropertyName является нечувствительным к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
fastqread(..., 'Blockread', читает одну запись последовательности или блок записей последовательности из FASTQ-отформатированного файла, содержащего несколько последовательностей. BlockreadValue,
...)
fastqread(..., 'HeaderOnly', задает, возвратить ли только информацию о заголовке. HeaderOnlyValue,
...)
fastqread(..., 'TrimHeaders', задает, обрезать ли заголовок к первому пробелу. TrimHeadersValue,
...)
|
Любое из следующего:
|
|
Скаляр или вектор, который управляет чтением одной записи последовательности или блоком записей последовательности из FASTQ-отформатированного файла, содержащего несколько последовательностей. Введите скалярный |
|
Задает, возвратить ли только информацию о заголовке. Выбором является |
|
Задает, обрезать ли заголовок после первого пробельного символа. Пробельные символы включают пробел (char (32)) и вкладка (char (9)). Выбором является |
|
Массив структур, содержащих информацию из FASTQ-отформатированного файла. Существует одна структура для каждого чтения последовательности или записи в файле. Каждая структура содержит следующие поля.
| ||||||||
|
Переменный содержащий информацию о заголовке или, если FASTQ-отформатированный файл содержит несколько последовательностей, массив ячеек, содержащий информацию о заголовке. | ||||||||
|
Переменный содержащий информацию о последовательности или, если FASTQ-отформатированный файл содержит несколько последовательностей, массив ячеек, содержащий информацию о последовательности. | ||||||||
|
Переменный содержащий информацию о качестве или, если FASTQ-отформатированный файл содержит несколько последовательностей, массив ячеек, содержащий информацию о качестве. |
Считайте файл FASTQ в массив структур:
% Read the contents of a FASTQ-formatted file into
% an array of structures
reads = fastqread('SRR005164_1_50.fastq')
reads =
1x50 struct array with fields:
Header
Sequence
QualityСчитайте файл FASTQ в три отдельных переменные:
% Read the contents of a FASTQ-formatted file into
% three separate variables
[headers,seqs,quals] = fastqread('SRR005164_1_50.fastq');Считайте блок записей из файла FASTQ:
% Read the contents of reads 5 through 10 into
% an array of structures
reads_5_10 = fastqread('SRR005164_1_50.fastq', 'blockread', [5 10])
1x6 struct array with fields:
Header
Sequence
Qualityfastqinfo | fastqread | fastqwrite | fastainfo | fastaread | fastawrite | sffinfo | sffread | saminfo | samread | BioIndexedFile | BioRead