plot (phytree)
Чертите филогенетическое дерево
Синтаксис
plot(Tree)
plot(Tree, ActiveBranches)
H = plot(...)
plot(..., 'Type', TypeValue,
...)
plot(..., 'Orientation', OrientationValue,
...)
plot(..., 'Rotation', RotationValue,
...)
plot(..., 'BranchLabels', BranchLabelsValue,
...)
plot(..., 'LeafLabels', LeafLabelsValue,
...)
plot(..., 'TerminalLabels', TerminalLabelsValue,
...)
plot(..., 'LLRotation', LLRotationValue,
...)
Входные параметры
Tree | Филогенетический древовидный созданный объект, такой, как создано с phytree функция конструктора. |
ActiveBranches | Логический массив размера |
TypeValue | Вектор символов или строка, задающая метод для рисования филогенетического дерева. Выбор:
|
OrientationValue | Вектор символов или строка, задающая положение корневого узла, и следовательно ориентацию phylogram или дерева кладограммы, когда
|
RotationValue | Скаляр между |
BranchLabelsValue | Управляет отображением меток ветви рядом с узлами ветви. Выбором является |
LeafLabelsValue | Управляет отображением листовых меток рядом с вершинами. Выбором является
|
TerminalLabels | Управляет отображением терминальных меток по меткам метки деления на оси, когда |
LLRotationValue | Управляет вращением листовых меток так, чтобы текст выровнялся к корневому узлу, когда |
Выходные аргументы
H | Структура с указателями на семь элементов графика. Структура включает следующие поля:
Совет Используйте |
Описание
plot( вовлекает филогенетический древовидный объект в фигуру как phylogram. Значительные расстояния между ветвями и узлами находятся в горизонтальном направлении. Вертикальные расстояния произвольны и не имеют никакого значения. Tree)
plot( скрывает неактивные ветви и всех их потомков в Окне рисунка. Tree, ActiveBranches)ActiveBranches логический массив размера numBranches- 1 указание на активные ветви.
H = plot(...) возвращает структуру с указателями на семь элементов графика.
plot(..., 'Type', задает метод для рендеринга филогенетического дерева. Выбор следующие.TypeValue,
...)
| Рендеринг типа | Описание |
|---|---|
'square' (значение по умолчанию) |
|
'angular' |
|
'radial' |
|
'equalangle' |
Совет Этот тип рендеринга скрывает значение корневого узла и подчеркивает кластеры, таким образом, делая его полезным для того, чтобы визуально оценить кластеры и обнаружить выбросы. |
'equaldaylight' |
Совет Этот тип рендеринга скрывает значение корневого узла и подчеркивает кластеры, таким образом, делая его полезным для того, чтобы визуально оценить кластеры и обнаружить выбросы. |
plot(..., 'Orientation', задает ориентацию корневого узла, и следовательно ориентацию phylogram или кладограммы филогенетическое дерево в Окне рисунка, когда OrientationValue,
...)'Type' свойством является 'square' или 'angular'.
plot(..., 'Rotation', задает угол поворота (в градусах) филогенетического дерева в Окне рисунка, когда RotationValue,
...)'Type' свойством является 'radial', 'equalangle', или 'equaldaylight'. Выбором является любой скаляр между 0 (значение по умолчанию) и 360.
plot(..., 'BranchLabels', скрывает или отображает метки ветви рядом с узлами ветви. Выбором является BranchLabelsValue,
...)true или false (значение по умолчанию).
plot(..., 'LeafLabels', скрывает или отображает листовые метки рядом с вершинами. Выбором является LeafLabelsValue,
...)true или false. Значение по умолчанию:
true— Когда'Type'свойством является'radial','equalangle', или'equaldaylight'false— Когда'Type'свойством является'square'или'angular'
plot(..., 'TerminalLabels', скрывает или отображает терминальные метки по меткам метки деления на оси, когда TerminalLabelsValue,
...)'Type' свойством является 'square' или 'angular'. Выбором является true (значение по умолчанию) или false.
plot(..., 'LLRotation', управляет вращением листовых меток так, чтобы текст выровнялся к корневому узлу, когда LLRotationValue,
...)'Type' свойством является 'radial', 'equalangle', или 'equaldaylight'. Выбором является true или false (значение по умолчанию).
Примеры
% Create a phytree object from a file
tr = phytreeread('pf00002.tree')
% Plot the tree and return a structure with handles to the
% graphic elements of the phytree object
h = plot(tr,'Type','radial')
% Modify the font size and color of the leaf node labels % by using one of the handles in the return structure set(h.leafNodeLabels,'FontSize',6,'Color',[1 0 0])
Смотрите также
phytree | phytreeread | phytreeviewer | seqlinkage | seqneighjoin | cluster | view