Создайте 4-D объем из набора изображений DICOM
V = dicomreadVolume(source)V, от набора Цифровой Обработки изображений и Коммуникаций в Медицине (DICOM) регистрируют, задан source. dicomreadVolume функция идентифицирует правильный порядок изображений и создает 4-D объем.
Примечание
Если вход является объемом DICOM, то функция возвращает данные об объеме после проверки порядка фрагментов изображения во входном объеме. Когда фрагменты изображения не находятся в соответствующем порядке, функция корректирует порядок прежде, чем возвратить выходной параметр.
V = dicomreadVolume(sourcetable)sourcetable. Таблица должна содержать только одну строку, которая задает метаданные для объема DICOM.
V = dicomreadVolume(sourcetable,rowname)rowname из многострочной таблицы. Используйте этот синтаксис когда sourcetable содержит несколько строк.
Загрузите данные об объеме из папки, содержащей файлы изображений DICOM. Используйте squeeze функция, чтобы удалить любые одноэлементные размерности.
[V,spatial,dim] = dicomreadVolume(fullfile(matlabroot,'toolbox/images/imdata/dog'));
V = squeeze(V);Отобразите 4-D DICOM объем. Сгенерируйте палитру и карту прозрачности для изображений магнитного резонанса (MR).
intensity = [0 20 40 120 220 1024]; alpha = [0 0 0.15 0.3 0.38 0.5]; color = ([0 0 0; 43 0 0; 103 37 20; 199 155 97; 216 213 201; 255 255 255])/ 255; queryPoints = linspace(min(intensity),max(intensity),256); alphamap = interp1(intensity,alpha,queryPoints)'; colormap = interp1(intensity,color,queryPoints);
Настройте панель.
ViewPnl = uipanel(figure,'Title','4-D Dicom Volume');
Просмотрите объем с пользовательской палитрой и картой прозрачности.
volshow(V,'Colormap',colormap,'Alphamap',alphamap,'Parent',ViewPnl);
Отобразите возвращенную пространственную структуру от dicomreadVolume. Структура содержит пространственную информацию о файлах изображений входа DICOM.
spatial
spatial = struct with fields:
PatientPositions: [22×3 double]
PixelSpacings: [22×2 double]
PatientOrientations: [2×3×22 double]
Отобразите информацию о размерности от dicomreadVolume. Значение указывает, что смещение среза является самым большим вдоль z- размерность.
dim
dim = 3
Соберите детали вокруг файлов DICOM, содержавшихся в папке при помощи dicomCollection функция. Функция возвращает детали доступных метаданных DICOM в форме таблицы.
sourcetable = dicomCollection(fullfile(matlabroot,'toolbox/images/imdata'));Отобразите таблицу. Таблица имеет несколько строк с каждой строкой, содержащей метаданные для наборов DICOM изображений, существующих в заданной папке.
sourcetable
sourcetable=5×14 table
StudyDateTime SeriesDateTime PatientName PatientSex Modality Rows Columns Channels Frames StudyDescription SeriesDescription StudyInstanceUID SeriesInstanceUID Filenames
____________________ ________________________ _______________ __________ ________ ____ _______ ________ ______ ________________ _________________ __________________________________________________________________ __________________________________________________________________ ___________________________________________________________________________________________________________________
s1 30-Apr-1993 11:27:24 {[30-Apr-1993 11:27:24]} "Anonymized" "" "CT" 512 512 1 1 "RT ANKLE" "" "1.2.840.113619.2.1.1.322987881.621.736170080.681" "1.2.840.113619.2.1.2411.1031152382.365.736169244" {["Y:\jobarchive\Bdoc19b\2019_05_27_h05m12s43_job1128383_pass\matlab\toolbox\images\imdata\CT-MONO2-16-ankle.dcm"]}
s2 14-Dec-2013 15:47:31 {[14-Dec-2013 15:54:33]} "GORBERG MITZI" "F" "MR" 512 512 1 22 "CSP" "AX T2" "1.2.840.113619.2.244.3596.11880862.13689.1386517653.214" "1.2.840.113619.2.244.3596.11880862.13689.1386517653.217" {22×1 string }
s3 03-Oct-2011 19:18:11 {[03-Oct-2011 18:59:02]} "" "M" "MR" 512 512 1 1 "RIGHT KNEE" "" "1.3.6.1.4.1.9590.100.1.2.320418845013189618318250681693358291211" "1.3.6.1.4.1.9590.100.1.2.287740981712351622214874344032214809569" {["Y:\jobarchive\Bdoc19b\2019_05_27_h05m12s43_job1128383_pass\matlab\toolbox\images\imdata\knee1.dcm" ]}
s4 03-Oct-2011 19:18:11 {[03-Oct-2011 19:05:04]} "" "M" "MR" 512 512 1 1 "RIGHT KNEE" "" "1.3.6.1.4.1.9590.100.1.2.320498134711034521212730362051554545799" "1.3.6.1.4.1.9590.100.1.2.316302984111738034326701385064023497963" {["Y:\jobarchive\Bdoc19b\2019_05_27_h05m12s43_job1128383_pass\matlab\toolbox\images\imdata\knee2.dcm" ]}
s5 30-Jan-1994 11:25:01 {0×0 double } "Anonymized" "" "US" 430 600 1 10 "Echocardiogram" "PS LAX MR & AI" "999.999.3859744" "999.999.94827453" {["Y:\jobarchive\Bdoc19b\2019_05_27_h05m12s43_job1128383_pass\matlab\toolbox\images\imdata\US-PAL-8-10x-echo.dcm"]}
Создайте 4-D DICOM объем от набора DICOM изображений в таблице. Задайте имя строки, которое содержит желаемый набор DICOM изображений. Установите аргумент 'MakeIsotropic' значения имени к true для того, чтобы создать изотропный объем. Используйте squeeze функция, чтобы удалить любые одноэлементные размерности.
V = dicomreadVolume(sourcetable,'s2','MakeIsotropic',true); V = squeeze(V);
Отобразите изотропный 4-D DICOM объем при помощи volshow функция. Сгенерируйте палитру и карту прозрачности для изображений MR.
intensity = [0 20 40 120 220 1024]; alpha = [0 0 0.15 0.3 0.38 0.5]; color = ([0 0 0; 43 0 0; 103 37 20; 199 155 97; 216 213 201; 255 255 255])/255; queryPoints = linspace(min(intensity),max(intensity),256); alphamap = interp1(intensity,alpha,queryPoints)'; colormap = interp1(intensity,color,queryPoints);
Настройте панель.
ViewPnl = uipanel(figure,'Position',[0 0 1 1],'Title','Isotropic 4-D Dicom Volume');
Просмотрите объем с пользовательской палитрой и картой прозрачности.
volshow(V,'Colormap',colormap,'Alphamap',alphamap,'CameraPosition',[3 3 4],'Parent',ViewPnl);
V — 4-D DICOM объем4-D DICOM объем, возвращенный как числовой массив.
Размерности V [rows, columns, samples, slices], где samples является количеством цветовых каналов на воксель. Например, полутоновые объемы имеют одну выборку, и объемы RGB имеют три выборки. Используйте squeeze функция, чтобы удалить любые одноэлементные размерности, такой как тогда, когда выборка равняется 1.
spatial — Местоположение, разрешение и ориентация изображений входа DICOMМестоположение, разрешение, и ориентация срезов, собранных из метаданных изображений входа DICOM, возвратилось как структура со следующими полями.
Пространственная структура
| Поля | Описание |
|---|---|
PatientPositions | (x, y, z) триплет первого пикселя в каждом срезе, измеренном в миллиметрах от источника системы координат сканера |
PixelSpacings
| Расстояние между соседними строками и столбцами в каждом срезе, в миллиметрах |
PatientOrientations
| Пара триплетов направляющего косинуса, которые определяют направление строк и столбцов в каждом срезе относительно терпеливого положения |
Для получения дополнительной информации об атрибутах DICOM, смотрите часть 3 стандарта DICOM, раздела C.7.6.2.
dim — Размерность с самым большим смещением Размерность с самым большим смещением, возвращенным как 1, 2, или 3. Значение обозначает размерность в 3-D системе координат, которая имеет самый большой объем перемещения между смежными срезами в данных о входе DICOM.
Если самое большое смещение приезжает x размерность, то dim 1.
Если самое большое смещение приезжает y размерность, то dim 2.
Если самое большое смещение приезжает z размерность, то dim 3.
dicominfo | dicomread | DICOM Browser | dicomCollection | tiffreadVolume