Создайте кинетический закон, возражают и добавляют к объекту реакции
kineticlawObj =
addkineticlaw(reactionObj, 'KineticLawNameValue')
kineticlawObj=
addkineticlaw(..., 'PropertyName', PropertyValue,
...)
reactionObj | Объект Reaction. Введите имя переменной для объекта реакции. |
KineticLawNameValue | Свойство выбрать тип кинетического закона возражает, чтобы создать. Для встроенного кинетического закона допустимые значения:
Найдите допустимый
|
kineticlawObj =
addkineticlaw(reactionObj, 'KineticLawNameValue')KineticLaw object к reactionObj.
В кинетическом объекте закона этот метод присваивает имя (KineticLawNameValueKineticLawName и присваивает объект реакции свойству Parent. В объекте реакции этот метод присваивает кинетический объект закона свойству KineticLaw.
modelObj = sbiomodel('cell');
reactionObj = addreaction(modelObj, 'a -> b');
kineticlawObj = addkineticlaw(reactionObj, 'MassAction');
parameterObj = addparameter(kineticlawObj, 'K1_forward', 0.1);
set(kineticlawObj, ParameterVariableName, 'K1_forward');
KineticLawNameValue
создает кинетический объект закона, kineticlawObj=
addkineticlaw(..., 'PropertyName', PropertyValue,
...)kineticlawObjkineticlawObjset. kineticlawObj свойства перечислены в Сводных данных Свойства.
Примечание
Задавать Хилла кинетическое уравнение скорости с экспонентой нецелого числа, которая совместима с DimensionalAnalysis, смотрите Задают Пользовательский Выступ Кинетический Закон что работы с Размерным Анализом.
Свойства для кинетических объектов закона
| Выражение | Выражение, чтобы определить уравнение скорости реакции или выражение заметного объекта |
| KineticLawName | Имя кинетического закона применилось к реакции |
| Name | Задайте имя объекта |
| Notes | Текст HTML, описывающий объект SimBiology |
| ParameterVariableNames | Массив ячеек параметров скорости реакции |
| ParameterVariables | Параметры в кинетическом определении закона |
| Parameters | Массив объектов параметра |
| Parent | Укажите на родительский объект |
| SpeciesVariableNames | Массив ячеек разновидностей в уравнении скорости реакции |
| SpeciesVariables | Разновидности в абстрактном кинетическом законе |
| Tag | Задайте метку для объекта SimBiology |
| Type | Отобразите тип объекта SimBiology |
| UserData | Задайте данные, чтобы сопоставить с объектом |
В этом примере показано, как симулировать преобразование подложки в продукт с помощью кинетики фермента Henri-Михаэлиса-Ментен.
Создайте модель под названием mymodel.
model = sbiomodel('mymodel');Добавьте реакцию, которая представляет преобразование подложки к продукту.
reaction = addreaction(model,'Substrate -> Product');Добавьте встроенного Henri-Михаэлиса-Ментен кинетический закон в реакцию.
kineticLaw = addkineticlaw(reaction,'Henri-Michaelis-Menten');
kineticLaw.Expressionans = 'Vm*S/(Km + S)'
Кинетический закон имеет два параметра и разновидность, которую необходимо задать. Просмотрите эти параметры.
kineticLaw.ParameterVariables
ans = 2x1 cell
{'Vm'}
{'Km'}
kineticLaw.SpeciesVariables
ans = 1x1 cell array
{'S'}
Чтобы задать параметры, создайте два объекта параметра и установите значения параметров.
Vm_param = addparameter(kineticLaw,'Vm_param','Value',6.0); Km_param = addparameter(kineticLaw,'Km_param','Value',1.25);
Сопоставьте параметры соответственно путем установки ParameterVariableNames свойство. Это сопоставляет параметры в выражении этими двумя параметрами, вы только создали использование взаимно-однозначного отображения в данном распоряжении.
kineticLaw.ParameterVariableNames = {'Vm_param','Km_param'};Также сопоставьте Substrate разновидности с разновидностями S в выражении.
kineticLaw.SpeciesVariableNames = {'Substrate'};Проверьте отображение путем рассмотрения скорости реакции и проверки параметров, и разновидностями правильно подставляются согласно выражению.
reaction.ReactionRate
ans = 'Vm_param*Substrate/(Km_param+Substrate)'
Введите начальную сумму разновидностей подложки для симуляции.
model.Species(1).InitialAmount = 8;
Симулируйте модель и постройте результаты.
simdata = sbiosimulate(model); sbioplot(simdata);
