Создайте реакцию, возражают и добавляют к объекту модели
reactionObj
=
addreaction(modelObj
,'ReactionValue
')
reactionObj
=
addreaction(modelObj
, 'ReactantsValue
', 'ProductsValue'
)
reactionObj = addreaction(modelObj
,
'ReactantsValue
', RStoichCoefficients
,
'ProductsValue
', PStoichCoefficients
)
reactionObj
=
addreaction(...'PropertyName
', PropertyValue
...)
| SimBiology®
model object . |
| Задайте уравнение реакции. Введите вектор символов. Дефису предшествует пробел и сопровождает правая угловая скобка ( Примерами является Если существует несколько отсеков, или задавать имя отсека, используйте Примерами является |
| Вектор символов, задающий имя разновидностей, массив ячеек из символьных векторов, объект разновидностей или массив объектов разновидностей. Если с помощью имен, квалифицируйте с именами отсека, если существует несколько отсеков. |
| Вектор символов, задающий имя разновидностей, массив ячеек из символьных векторов, объект разновидностей или массив объектов разновидностей. Если с помощью имен, квалифицируйте с именами отсека, если существует несколько отсеков. |
| Стехиометрические коэффициенты для реагентов, длина массива равняется длине . |
| Стехиометрические коэффициенты для продуктов, длина массива равняется длине . |
Примечание
Если вы квалифицируете какое-либо имя разновидностей с именем отсека, то необходимо квалифицировать каждую разновидность с соответствующим именем отсека.
создает объект реакции, присваивает значение (reactionObj
=
addreaction(modelObj
,'ReactionValue
')
) к свойству ReactionValue
Reaction
, объект (объекты) разновидностей реагента присвоений к свойству Reactants
, присваивает объект (объекты) разновидностей продукта свойству Products
, и присваивает model object
к свойству Parent
. В Объекте модели (modelObj
), этот метод присваивает объект реакции свойству Reactions
, и возвращает объект реакции (reactionObj
).
reactionObj = addreaction(modelObj, 'a -> b')
Когда вы задаете реакцию с новой разновидностью:
Если никакие объекты отсека не существуют в модели, метод создает объект отсека (названный '
) в модели и добавляет недавно созданные разновидности в тот отсек.unnamed
'
Если только один объект отсека (compObj
) существует в модели, метод создает объект разновидностей в том отсеке.
Если существует больше чем один объект отсека (compObj
) в модели необходимо квалифицировать имя разновидностей с именем отсека.
Например, cell.glucose
обозначает, что вы хотите поместить разновидности под названием glucose
в отсек под названием cell
. Кроме того, если отсек под названием cell
не существует, процесс добавления, что реакция создает отсек и называет его cell
.
Можно вручную добавить разновидность в объект отсека с методом addspecies
.
Можно добавить разновидности в объект реакции использование методов addreactant
или addproduct
. Можно удалить разновидности из объекта реакции с методами
или rmreactant
rmproduct
. Свойство Reaction
изменяется путем добавления или удаления разновидностей из уравнения реакции.
Можно скопировать объект реакции SimBiology в объект модели с функцией copyobj
. Можно удалить объект реакции SimBiology из объекта модели SimBiology с функцией delete
.
Можно просмотреть дополнительные свойства объектов реакции с get
команда. Например, уравнение реакции reactionObj
может быть просмотрен с командой, добираются (
. Можно изменить дополнительные свойства объектов реакции с командой reactionObj
, 'Реакция')set
.
создает объект реакции, присваивает значение свойству reactionObj
=
addreaction(modelObj
, 'ReactantsValue
', 'ProductsValue'
)Reaction
использование реагента (
) и продукт (ReactantsValue
) имена, присваивает объекты разновидностей свойствам ProductsValue
Reactants
и Products
, и присваивает объект модели свойству Parent
. В объекте модели (modelObj
), этот метод присваивает объект реакции свойству Reactions
, и возвращает объект реакции (reactionObj
). Стехиометрические значения приняты, чтобы быть 1
.
reactionObj = addreaction(
добавляют стехиометрические коэффициенты (modelObj
,
'ReactantsValue
', RStoichCoefficients
,
'ProductsValue
', PStoichCoefficients
)
) для разновидностей реагента и стехиометрических коэффициентов (RStoichCoefficients
PStoichCoefficients
) для разновидностей продукта к свойству Stoichiometry
. Длина Reactants
и RCoefficients
должно быть равным, и длина Products
и PCoefficients
должно быть равным.
задает дополнительные свойства. Имя свойства / пары значения свойства может быть в любом формате, поддержанном функцией reactionObj
=
addreaction(...'PropertyName
', PropertyValue
...)set
.
Примечание
Если вы используете addreaction
метод, чтобы создать выражение скорости реакции, которое не непрерывно и дифференцируемо, смотрите Используя События, чтобы Обратиться к Разрывам в Выражениях Правила и Скорости реакции прежде, чем симулировать вашу модель.
Методы для объектов реакции
addkineticlaw (реакция) | Создайте кинетический закон, возражают и добавляют к объекту реакции |
addproduct (реакция) | Добавьте объект разновидностей продукта в объект реакции |
addreactant (реакция) | Добавьте объект разновидностей как реагент к объекту реакции |
copyobj | Скопируйте объект SimBiology и его дочерние элементы |
delete | Объект Delete SimBiology |
display | Отобразите сводные данные объекта SimBiology |
get | Получите свойства объектов SimBiology |
getadjacencymatrix (модель) | Получите матрицу смежности от объекта модели |
getstoichmatrix (модель) | Получите матрицу стехиометрии от объекта модели |
rename | Переименуйте выражения обновления и объект |
rmproduct (реакция) | Удалите объект разновидностей из продуктов объекта реакции |
rmreactant (реакция) | Удалите объект разновидностей из реагентов объекта реакции |
set | Установите свойства объектов SimBiology |
Свойства для объектов реакции
Active | Укажите на объект в использовании в процессе моделирования |
KineticLaw | Покажите кинетический закон, используемый для ReactionRate |
Name | Задайте имя объекта |
Notes | Текст HTML, описывающий объект SimBiology |
Parent | Укажите на родительский объект |
Products | Массив продуктов реакции |
Reactants | Массив реагентов реакции |
Reaction | Реакция объекта Reaction |
ReactionRate | Уравнение скорости реакции в объекте реакции |
Reversible | Задайте, обратима ли реакция или необратима |
Stoichiometry | Коэффициенты разновидностей в реакции |
Tag | Задайте метку для объекта SimBiology |
Type | Отобразите тип объекта SimBiology |
UserData | Задайте данные, чтобы сопоставить с объектом |
Создайте модель, добавьте объект реакции и присвойте выражение для уравнения скорости реакции.
Создайте объект модели, и затем добавьте объект реакции.
modelObj = sbiomodel('my_model'); reactionObj = addreaction(modelObj, 'a -> c + d');
Создайте кинетический объект закона для объекта реакции типа 'Henri-Michaelis-Menten'
.
kineticlawObj = addkineticlaw(reactionObj, 'Henri-Michaelis-Menten');
reactionObj
KineticLaw
свойство сконфигурировано к kineticlawObj
.
'Henri-Michaelis-Menten'
кинетический закон имеет две переменные параметра (Vm
и Km
) и одна переменная разновидностей (S
) это должно, чтобы быть установленным. Чтобы установить эти переменные, сначала создайте переменные параметра как объекты параметра (parameterObj1, parameterObj2
) с именами Vm_d
, и Km_d
, и присвойте объекты Parent
значение свойства к kineticlawObj
.
parameterObj1 = addparameter(kineticlawObj, 'Vm_d'); parameterObj2 = addparameter(kineticlawObj, 'Km_d');
Установите имена переменных для кинетического объекта закона.
set(kineticlawObj,'ParameterVariableNames', {'Vm_d' 'Km_d'}); set(kineticlawObj,'SpeciesVariableNames', {'a'});
Проверьте, что скорость реакции описывается правильно в объекте ReactionRate
реакции свойство.
get (reactionObj, 'ReactionRate')
MATLAB возвращается:
ans = Vm_d*a/(Km_d+a)
model object
, addkineticlaw
, addproduct
, addreactant
, rmproduct
, rmreactant