Кинетическая информация о законе для реакции
Кинетический объект закона содержит информацию об абстрактном кинетическом законе, применился к реакции и обеспечивает шаблон для скорости реакции. В модели, SimBiology® программное обеспечение использует информацию, которую вы предоставляете в полностью заданном кинетическом объекте закона определить ReactionRate
свойство в объекте реакции.
Когда вы сначала создаете кинетический объект закона, необходимо задать имя абстрактного кинетического закона, чтобы использовать. Программное обеспечение SimBiology заполняет KineticLawName
свойство и Expression
свойство в кинетическом законе возражает с именем абстрактного кинетического закона, который вы задали и математическое выражение соответственно. Программное обеспечение также заполняет ParameterVariables
свойство и SpeciesVariables
свойство кинетического закона возражает со значениями, найденными в соответствующих свойствах абстрактного кинетического объекта закона.
Чтобы получить скорость реакции, необходимо полностью задать кинетический объект закона:
В ParameterVariableNames
свойство, задайте параметры из модели, которой вы хотите заменить в выражении (Expression
свойство.
В SpeciesVariableNames
свойство, задайте разновидности из модели, которой вы хотите заменить в выражении.
Программное обеспечение SimBiology занимает место в выражении, именах переменных параметра и переменных разновидностей в порядке, заданном в ParameterVariables
и SpeciesVariables
свойства соответственно.
Программное обеспечение затем показывает подставленное выражение скоростью реакции в ReactionRate
свойство объекта реакции. Если кинетический объект закона не полностью задан, ReactionRate
свойство остается ' '
пустой.
Для ссылок на кинетические страницы с описанием свойства объекта закона см. Сводные данные Свойства.
Свойства задают характеристики объекта. Используйте
и get
команды к свойствам объекта списка и изменению их значения в командной строке. Можно в интерактивном режиме изменить свойства объектов в приложении SimBiology Model Builder. set
Для объяснения того, как соответствующие свойства относятся друг к другу, смотрите Командную строку.
Следующие разделы используют кинетический пример закона, чтобы показать, как можно полностью задать кинетический объект закона получить скорость реакции в приложении SimBiology Model Builder и в командной строке.
Henri-Михаэлис-Ментен кинетический закон описывается можно следующим образом:
В программном обеспечении SimBiology Henri-Michaelis-Menten
встроенный абстрактный кинетический закон, где Vm
и Km
заданы в ParameterVariables
свойство абстрактного кинетического объекта закона и S
задан в SpeciesVariables
свойство абстрактного кинетического объекта закона.
Чтобы полностью задать кинетический закон в приложении, задайте имена переменных разновидностей и переменных параметра, которые участвуют в скорости реакции. Для примера смотрите, Добавляют и Конфигурируют Реакции.
Чтобы полностью задать кинетический объект закона в командной строке, задайте имена параметров в ParameterVariableNames
свойство кинетического объекта закона, и задает имена разновидностей в SpeciesVariableNames
свойство кинетического объекта закона. Например, чтобы применить Henri-Michaelis-Menten
абстрактный кинетический закон к реакции
A -> B where Vm = Va, Km = Ka and S = A
Va
и Ka
в ParameterVariableNames
свойство заменить переменными, которые находятся в ParameterVariables
свойство (Vm
и Km
). Задайте A
в SpeciesVariableName
свойство, которое будет использоваться, чтобы заменить переменной разновидностей в SpeciesVariables
свойство (S
). Задайте порядок параметров модели, которые будут использоваться для замены в том же порядке, что переменные параметра перечислены в ParameterVariables
свойство. Точно так же задайте порядок разновидностей, если больше чем одна переменная разновидностей представлена. % Find the order of the parameter variables % in the kinetic law expression. get(kineticlawObj, 'ParameterVariables') ans = 'Vm' 'Km' % Find the species variable in the % kinetic law expression get(kineticlawObj, 'SpeciesVariables') ans = 'S' % Specify the parameters and species variables % to be used in the substitution. % Remember to specify order, for example Vm = Va % Vm is listed first in 'ParameterVariables', % therefore list Va first in 'ParameterVariableNames'. set(kineticlawObj,'ParameterVariableNames', {'Va' 'Ka'}); set(kineticlawObj,'SpeciesVariableNames', {'A'});
Для подробной процедуры смотрите Примеры.
Следующая таблица обобщает отношения между свойствами в абстрактном кинетическом объекте закона и кинетическом объекте закона в контексте вышеупомянутого примера.
Свойство | Цель свойства | Абстрактный кинетический объект закона | Кинетический объект закона |
---|---|---|---|
Name (абстрактный кинетический объект закона)KineticLawName (кинетический объект закона) | Имя абстрактного кинетического закона применилось к реакции. Например:Henri-Michaelis -Menten | Только для чтения для встроенного абстрактного кинетического закона. Определенный пользователями для пользовательского абстрактного кинетического закона. | Только для чтения |
Expression | Математическое выражение раньше определяло уравнение скорости реакции. Например: | Только для чтения для встроенного абстрактного кинетического закона. Определенный пользователями для пользовательского абстрактного кинетического закона. | Только для чтения; зависит от абстрактного кинетического закона, применился к реакции. |
ParameterVariables | Переменные в Expression это - параметры. Например:Vm and Km | Только для чтения для встроенного абстрактного кинетического закона. Определенный пользователями для пользовательского абстрактного кинетического закона. | Только для чтения; зависит от абстрактного кинетического закона, применился к реакции. |
SpeciesVariables | Переменные в Expression это - разновидности. Например: S | Только для чтения для встроенного абстрактного кинетического закона. Определенный пользователями для пользовательского абстрактного кинетического закона. | Только для чтения; зависит от абстрактного кинетического закона, применился к реакции. |
ParameterVariableNames | Переменные в ReactionRate это - параметры. Например: Va and Ka | Не применяется | Задайте эти переменные, соответствующие ParameterVariables . |
SpeciesVariablesNames | Переменные в ReactionRate это - разновидности. Например: A | Не применяется | Задайте эти переменные, соответствующие SpeciesVariables . |
addkineticlaw (реакция) | Создайте кинетический закон, возражают и добавляют к объекту реакции |
addparameter (модель, kineticlaw) | Создайте объект параметра и добавьте к или кинетическому объекту закона модели |
copyobj | Скопируйте объект SimBiology и его дочерние элементы |
delete | Объект Delete SimBiology |
display | Отобразите сводные данные объекта SimBiology |
get | Получите свойства объектов SimBiology |
getparameters (kineticlaw) | Получите определенные параметры в кинетическом объекте закона |
getspecies (kineticlaw) | Получите определенные разновидности в кинетическом объекте закона |
rename | Переименуйте выражения обновления и объект |
переупорядочивание (модель, отсек, кинетический закон) | Переупорядочьте списки компонента |
set | Установите свойства объектов SimBiology |
setparameter (kineticlaw) | Задайте определенные параметры в кинетическом объекте закона |
setspecies (kineticlaw) | Задайте разновидности в кинетическом объекте закона |
Выражение | Выражение, чтобы определить уравнение скорости реакции или выражение заметного объекта |
KineticLawName | Имя кинетического закона применилось к реакции |
Name | Задайте имя объекта |
Notes | Текст HTML, описывающий объект SimBiology |
ParameterVariableNames | Массив ячеек параметров скорости реакции |
ParameterVariables | Параметры в кинетическом определении закона |
Parameters | Массив объектов параметра |
Parent | Укажите на родительский объект |
SpeciesVariableNames | Массив ячеек разновидностей в уравнении скорости реакции |
SpeciesVariables | Разновидности в абстрактном кинетическом законе |
Tag | Задайте метку для объекта SimBiology |
Type | Отобразите тип объекта SimBiology |
UserData | Задайте данные, чтобы сопоставить с объектом |
В этом примере показано, как задать скорость реакции для реакции.
Создайте объект модели и добавьте объект реакции в модель.
modelObj = sbiomodel ('my_model'); reactionObj = addreaction (modelObj, 'A -> B');
Задайте кинетический закон для объекта реакции.
kineticlawObj = addkineticlaw(reactionObj, 'Henri-Michaelis-Menten');
Запросите параметры и переменные разновидностей, заданные в кинетическом законе.
get(kineticlawObj, 'ParameterVariables') ans = 'Vm' 'Km' get(kineticlawObj, 'SpeciesVariables') ans = 'S'
Задайте Va
и Ka
как ParameterVariableNames
, которые соответствуют ParameterVariables
Vm
и Km
. Чтобы установить эти переменные, сначала создайте переменные параметра как объекты параметра (parameterObj1, parameterObj2
) с именами Va
и Ka
, и затем добавьте их в kineticlawObj
. Разновидности возражают с Name
A
создается когда reactionObj
создается и не должен быть переопределен.
parameterObj1 = addparameter(kineticlawObj, 'Va'); parameterObj2 = addparameter(kineticlawObj, 'Ka');
Установите имена переменных для кинетического объекта закона.
set(kineticlawObj,'ParameterVariableNames', {'Va' 'Ka'}); set(kineticlawObj,'SpeciesVariableNames', {'A'});
Проверьте, что скорость реакции описывается правильно в объекте ReactionRate
реакции свойство.
get (reactionObj, 'ReactionRate')
MATLAB® возвращается:
ans = Va*A/(Ka+A)
AbstractKineticLaw object
, Configset object
, Model object
, Parameter
object
, Reaction object
, Root object
, Rule
object
, Species object
Свойство SimBiology Expression