Объект, содержащий информацию о реакции модели
Объект реакции представляет реакцию, которая описывает преобразование, транспорт или процесс привязки, который изменяет одну или несколько разновидностей. Как правило, изменение является суммой разновидности. Например:
Creatine + ATP <-> ADP + phosphocreatine
glucose + 2 ADP + 2 Pi -> 2 lactic acid + 2 ATP + 2 H2O
Пробелы требуются до и после имен разновидностей и стехиометрических значений.
См. Сводные данные Свойства для ссылок на страницы с описанием свойства объекта реакции.
Свойства задают характеристики объекта. Используйте get
и set
команды к свойствам объекта списка и изменению их значения в командной строке. Можно графически изменить свойства объектов в графическом интерфейсе пользователя.
Примечание
Если вы создаете новую реакцию в командной строке и не задаете ее имя, реакция получает автоматическое имя Reaction_N
, где N является положительным целым числом. N увеличивается монотонно, когда вы добавляете больше реакций.
Если вы копируете использование реакции copyobj
, имя скопированной реакции сгенерировано путем добавления _N
, где N является самым маленьким целым числом не в использовании тем префиксом. Например, GivenName_1
копируется в GivenName_1_1
.
addreaction (модель) | Создайте реакцию, возражают и добавляют к объекту модели |
addkineticlaw (реакция) | Создайте кинетический закон, возражают и добавляют к объекту реакции |
addproduct (реакция) | Добавьте объект разновидностей продукта в объект реакции |
addreactant (реакция) | Добавьте объект разновидностей как реагент к объекту реакции |
copyobj | Скопируйте объект SimBiology и его дочерние элементы |
delete | Объект Delete SimBiology |
display | Отобразите сводные данные объекта SimBiology |
get | Получите свойства объектов SimBiology |
getadjacencymatrix (модель) | Получите матрицу смежности от объекта модели |
getstoichmatrix (модель) | Получите матрицу стехиометрии от объекта модели |
rename | Переименуйте выражения обновления и объект |
rmproduct (реакция) | Удалите объект разновидностей из продуктов объекта реакции |
rmreactant (реакция) | Удалите объект разновидностей из реагентов объекта реакции |
set | Установите свойства объектов SimBiology |
Active | Укажите на объект в использовании в процессе моделирования |
KineticLaw | Покажите кинетический закон, используемый для ReactionRate |
Name | Задайте имя объекта |
Notes | Текст HTML, описывающий объект SimBiology |
Parent | Укажите на родительский объект |
Products | Массив продуктов реакции |
Reactants | Массив реагентов реакции |
Reaction | Реакция объекта Reaction |
ReactionRate | Уравнение скорости реакции в объекте реакции |
Reversible | Задайте, обратима ли реакция или необратима |
Stoichiometry | Коэффициенты разновидностей в реакции |
Tag | Задайте метку для объекта SimBiology |
Type | Отобразите тип объекта SimBiology |
UserData | Задайте данные, чтобы сопоставить с объектом |
Определения и оценки реакций в моделях SimBiology, AbstractKineticLaw object
, Configset object
, KineticLaw object
, Model object
, Parameter
object
, Root object
, Rule object
, Species
object