sbioncaoptions

Задайте опции, чтобы вычислить неразделенный на отсеки анализ (NCA) параметры

свернуть все на странице

Синтаксис

opt = sbioncaoptions

Описание

пример

opt = sbioncaoptions возвращает объект опций NCA. Используйте запись через точку, чтобы установить свойства объектов для опций.

Примеры

свернуть все

Этот пример использует:

Скрипт Open Live Script

Загрузите синтетический набор данных, который содержит измерения концентрации препарата четырех индивидуумов после дозы болюсного внутривенного введения.

load data1.mat

Установите суммарные дозы на NaN в моментах времени, когда никакая доза не была введена.

data1.Dose(data1.Dose(:) == 0) = NaN;

Отобразите данные.

sbiotrellis(data1,'ID','Time','DrugConc','Marker','o','LineStyle','--');

Figure contains 4 axes objects. Axes object 1 with title ID 1 contains an object of type line. This object represents DrugConc. Axes object 2 with title ID 3 contains an object of type line. Axes object 3 with title ID 2 contains an object of type line. Axes object 4 with title ID 4 contains an object of type line.

Категоризируйте столбцы данных с помощью объекта опций NCA.

opt = sbioncaoptions;
opt.groupColumnName         = 'ID';
opt.concentrationColumnName = 'DrugConc';
opt.timeColumnName          = 'Time';
opt.IVDoseColumnName        = 'Dose';

Вычислите параметры NCA для каждого индивидуума.

ncaparameters = sbionca(data1,opt);

Отобразите первые несколько столбцов таблицы. Каждая строка ncaparameters таблица представляет индивидуума (или группа), и каждый списки столбцов соответствующее значение параметров NCA.

ncaparameters(:,1:15)
ans=4×15 table
    ID    doseSchedule    administrationRoute    Lambda_Z      R2       adjusted_R2    Num_points    AUC_0_last    Tlast    C_max     C_max_Dose    T_max     MRT      T_half    AUC_infinity
    __    ____________    ___________________    ________    _______    ___________    __________    __________    _____    ______    __________    _____    ______    ______    ____________

    1      {'Single'}         {'IVBolus'}        0.57893     0.99991       0.9999          11          143.61       48      74.412      1488.2        0      1.5408    1.1973       143.61   
    2      {'Single'}         {'IVBolus'}        0.66798     0.99998      0.99998          11          299.37       48      191.96      1919.6        0      1.3352    1.0377       299.37   
    3      {'Single'}         {'IVBolus'}        0.62124     0.99999      0.99999          11           766.5       48      411.06      1644.2        0      1.4476    1.1157        766.5   
    4      {'Single'}         {'IVBolus'}        0.58011     0.99995      0.99995          11          1301.8       48      648.33      1296.7        0      1.5721    1.1949       1301.8

Можно также указать пользовательский диапазон времени, чтобы вычислить T_max и C_max в той области значений времени скажите со времени = от 0 до 20. Можно сделать так путем установки C_max_ranges свойство как массив ячеек двухэлементного вектора-строки.

opt.C_max_ranges    = {[5.5 20]};
ncaparameters2       = sbionca(data1,opt);

Функция сообщает о T_max и значениях C_max в области значений путем добавления двух новых столбцов: T_max_5_5 __ 20 и C_max_5_5 __ 20. Обратите внимание на то, что на имена этих двух столбцов, последнему моменту времени предшествуют два последовательных символа нижнего подчеркивания (__).

ncaparameters2.T_max_5_5__20(:)
ans = 4×1

     6
     6
     6
     6


ncaparameters2.C_max_5_5__20(:)
ans = 4×1

    2.2719
    3.0213
   10.0233
   19.9006

Точно так же можно указать пользовательский диапазон времени, чтобы вычислить частичное значение AUC для каждой группы.

opt.PartialAreas    = {[0 20]};
ncaparameters3      = sbionca(data1,opt);
ncaparameters3.AUC_0__20(:)
ans = 4×1
103 ×

    0.1436
    0.2994
    0.7665
    1.3017

Можно также указать диапазоны нескольких времени для C_max_ranges и PartialAreas.

opt.C_max_ranges    = {[0 20],[0 10],[0 15]};
opt.PartialAreas    = {[0 12],[0 30]};
ncaparameters4      = sbionca(data1,opt);

Выходные аргументы

свернуть все

Опции, чтобы вычислить параметры NCA, возвращенные как SimBiology.nca.Options объект. Свойства объекта классифицируются в две группы, опции классификации данных и опции вычисления параметра.

Опции классификации данных

СвойствоОписание
IVDoseColumnNameИмя столбца данных, который содержит суммарную дозу IV.
EVDoseColumnNameИмя столбца данных, который содержит extravascular (EV) суммарная доза.
concentrationColumnNameИмя столбца данных, который содержит измеренные концентрации.
timeColumnNameИмя столбца данных, который содержит моменты времени.
groupColumnName

Имя столбца данных, который содержит группирующуюся информацию. Можно задать группировку с помощью двух уровней иерархии. Задайте внешний уровень группировки в этом столбце. Задайте внутренний уровень группирующихся (подгруппы) в idColumnName.

Если вы задаете idColumnName, затем необходимо также задать groupColumnName.

Например, рассмотрите данные, которые содержат три группы, где каждая группа содержит четырех пациентов. Столбец группы помечает эти три группы, и столбец ID помечает каждого пациента.

idColumnName

Имя столбца данных, который содержит группирующуюся информацию. Можно задать группировку с помощью двух уровней иерархии. Задайте внутренний уровень группирующихся (подгруппы) в этом столбце. Задайте внешний уровень группировки в groupColumnName.

Если вы задаете idColumnName, затем необходимо также задать groupColumnName.

infusionRateColumnNameИмя столбца данных, который содержит скорости введения.

Опции вычисления параметра

СвойствоОписание
LOQНижний предел квантования, порога, ниже которого значения зависимой переменной являются усеченными, чтобы обнулить.
AdministrationRouteСпособ введения лекарства. Поддерживаются три типа администрирования: IVBolus, IVInfusion, и ExtraVascular.
TAUДозирование интервала для нескольких дозирующих данных.
SparseDataBoolean, который указывает, усреднены ли значения зависимой переменной между подгруппами, чтобы далее заполнить профиль для группы. Временные стоимости для каждого измерения через подгруппы (идентификаторы) в группе должны быть идентичными.
Lambda_Z_Time_Min_Max

Двухэлементный вектор-строка, который указывает пользовательский диапазон времени, чтобы вычислить терминальную константу скорости (Lambda_z). Область значений времени применяется ко всем группам; вы не можете указать различный диапазон времени для каждой группы. Для получения дополнительной информации смотрите Неразделенный на отсеки Анализ.

PartialAreas

Массив ячеек одного или нескольких двухэлементных векторов-строк, которые указывают диапазоны одного или нескольких времен, использовался для расчета частичных значений AUC. Можно задать несколько строк для специфичных для группы областей значений, где количество строк равняется количеству групп. Если существует только одна строка, те же области значений времени используются для всех групп.

C_max_ranges

Массив ячеек одного или нескольких двухэлементных векторов-строк, которые указывают диапазоны одного или нескольких времен, раньше сообщал о T_max,C_max пары в заданных областях. Можно задать несколько строк для специфичных для группы областей значений, где количество строк равняется количеству групп. Если существует только одна строка, те же области значений времени используются для всех групп.

Смотрите также

Темы

Введенный в R2017b

Документация SimBiology

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте