Симулируйте ответы на биологическую изменчивость и дозы

Симулируйте биологическую изменчивость, чтобы сравнить вид животных, деформации или экспериментальные условия, и исследовать различные стратегии дозирования

Функции

sbiosimulateМодель Simulate SimBiology
createSimFunctionОбъект Create SimFunction
sbiodoseСоздайте объект дозы
adddoseДобавьте объект дозы смоделировать
addobservableДобавьте заметный объект в модель SimBiology
sbiovariantСоздайте различный объект
addvariantДобавьте вариант в модель
sbiosteadystate Найдите устойчивое состояние модели SimBiology
sbioaccelerateПодготовьте объект модели к ускоренным симуляциям
sbiosampleparametersСгенерируйте параметры путем выборки ковариационной модели (требует программного обеспечения Statistics and Machine Learning Toolbox),
sbiosampleerrorДемонстрационная ошибка на основе ошибочной модели и добавляет шум в данные моделирования
sbioplotПостройте результаты симуляции на одном рисунке
sbiosubplotПостройте результаты симуляции в подграфиках
sbiotrellisОтобразите на графике данные или результаты симуляции в графике решетки
sbioensemblerunНесколько стохастических запусков ансамбля модели SimBiology
sbioensembleplotПокажите результаты запуска ансамбля с помощью 2D или 3-D графиков
sbioensemblestatsПолучите статистику от данных о запуске ансамбля

Объекты

ObservableОбъект, содержащий выражение для вычислений постсимуляции
ScenariosСценарии симуляции
SimFunctionПодобный функции интерфейс, чтобы выполнить модели SimBiology
ScheduleDoseЗадайте протокол дозирования препарата
RepeatDoseЗадайте протокол дозирования препарата
VariantСохраните альтернативные значения компонента
SimDataДанные моделирования
ConfigsetИнформация о настройках решателя для симуляции модели
SolverOptionsЗадайте опции решателя модели
RuntimeOptionsОпции для регистрируемых разновидностей
CompileOptionsРазмерный анализ и модульные опции преобразования

Приложения

SimBiology Model BuilderСоздайте QSP, PK/PD и механистические модели системной биологии в интерактивном режиме
SimBiology Model AnalyzerАнализируйте QSP, PK/PD и механистические модели системной биологии

Примеры и руководства

Биологическая изменчивость модели с виртуальными пациентами Используя приложение SimBiology Model Analyzer

Сгенерируйте демонстрационные значения для параметров модели, чтобы представлять виртуальных пациентов и симулировать, чтобы исследовать изменчивость модели.

Симулируйте биологическую изменчивость дрожжей G цикл белка Используя деформации Дикого Типа и мутанта

В этом примере показано, как создать и применить вариант к модели белка G деформации дикого типа.

Симулируйте модель ответа инсулина глюкозы с различными начальными условиями

В этом примере показано, как симулировать ответы инсулина глюкозы для нормальных и диабетических предметов.

Концепции

Дозы в моделях SimBiology

Используйте дозы, чтобы смоделировать различные режимы дозирования.

Варианты в моделях SimBiology

Используйте варианты, чтобы сохранить альтернативные значения параметров и начальные условия модели.

Симуляция модели

Симулируйте динамические модели с помощью различных решателей.

Выбор решателя симуляции

SimBiology® использует функцию решателя, чтобы вычислить решения для системы дифференциальных уравнений в различных временных интервалах во время симуляции модели.

Ускорение симуляций модели и исследований

Ускорьте симуляцию или анализ путем преобразования модели в скомпилированный код С.

Объедините сценарии симуляции в SimBiology

Объедините сгенерированные выборки с помощью двух различных методов.

Поиск и устранение проблем

Проблемы симуляции Поиска и устранения проблем

Диагностируйте ошибки симуляции SimBiology, такие как допуск Интегрирования не ошибка, которой соответствуют, путем изменения решателя или допусков.

Выбор абсолютной погрешности и относительной погрешности для симуляции

SimBiology использует AbsoluteTolerance и RelativeTolerance управлять точностью интегрирования в процессе моделирования.

Получение ОДУ от реакций

Для симуляции модели SimBiology выводит обыкновенные дифференциальные уравнения (ОДУ) из реакций модели с помощью принципов массового баланса.

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте