Используйте table хранить табличные данные, которые можно использовать позже в подборе кривой и анализе в командной строке. Использование readtable импортировать данные без NONMEM® интерпретация заголовков столбцов. readtable функция позволяет вам использовать аргументы пары "имя-значение", в которых можно задать опции, такие как тип разделителя и содержит ли первая строка имена заголовка. Если вы хотите использовать данные для подбора кривой использованию sbiofit или sbiofitmixed, преобразуйте его в groupedData формат с помощью groupedData.
Чтобы подготовить файл данных к импорту, удалите любые комментарии, которые присутствуют в начале файла.
Например:
% Text files data = readtable('tobramycin.txt'); % Text files with . in place of missing values data = readtable('tobramycin.txt', 'TreatAsEmpty', '.');
Для получения дополнительной информации о том, как отформатировать файл данных для подбора кривой, смотрите, Создают Файл данных с Определениями SimBiology.
Используйте sbionmimport функция, чтобы импортировать данные от NONMEM отформатировала файлы. Чтобы импортировать данные без интерпретации NONMEM заголовков столбцов, смотрите, Импортируют Данные из Файлов.
Чтобы подготовить файл данных к импорту, удалите любые комментарии, которые присутствуют в начале файла и выбирают один из следующих методов, чтобы импортировать ваши данные:
Если файл данных содержит только значения заголовка столбца, показанные в Поддержке Импорта NONMEM Отформатированные Файлы, используйте синтаксис, показанный в следующем примере:
filename = 'C:\work\datafiles\dose.xls'; ds = sbionmimport(filename);
Если файл данных имеет метки заголовка столбца, отличающиеся от таблицы, показанной в Поддержке Импорта NONMEM Отформатированные Файлы, и вы хотите применить интерпретацию NONMEM заголовков:
Создайте объект определения файла NONMEM. Этот объект позволяет вам задать то, что заголовки столбцов в файле данных означают в SimBiology®. В следующем примере столбцом, содержащим значения отклика, является CP, тогда как в NONMEM отформатировал файлы, столбец помечен DV.
Чтобы использовать tobramycin набор данных [1], создайте определение файла NONMEM, возражают и задают следующее:
def = sbionmfiledef;
def.DoseLabel = 'DOSE';
def.GroupLabel = 'ID';
def.TimeLabel = 'TIME';
def.DependentVariableLabel = 'CP';
def.MissingDependentVariableLabel = 'MDV';
def.EventIDLabel = 'EVID';
def.ContinuousCovariateLabels = {'WT', 'HT', 'AGE', 'SEX', 'CLCR'};Ваш файл может содержать любое имя для заголовков столбцов. Смотрите sbionmfiledef для списка свойств можно сконфигурировать в объекте определения файла NONMEM.
Используйте sbionmimport функционируйте, чтобы импортировать ваш файл данных с определениями заголовка столбца, как задано в объекте определения файла NONMEM. Например, просмотрите к matlabroot/toolbox/simbio/simbiodemos/matlabroot папка где MATLAB® установлен).
[data, pkDataObject] = sbionmimport('tobramycin.txt', def, ...
'TreatAsEmpty', '.');Этот пример показывает вам, как получить объект PKData, PKDataObj, при импорте, поскольку вы будете использовать объект PKData в том, чтобы подбирать модель позже.
sbionmimport функция принимает пары "имя-значение" свойства, принятые dataset. Например, если набор данных не содержит заголовки столбцов, используйте 'ReadVarNames', false задавать тот sbionmimport должен считать значения из первой строки файла.
Для получения информации о создании модели, чтобы соответствовать данным, смотрите, Создают Фармакокинетическую Модель Используя Командную строку.
Для получения дальнейшей информации о поддерживаемых форматах данных и функциях для того, чтобы импортировать данные в рабочее пространство MATLAB, смотрите Поддерживаемые Форматы файлов для Импорта и экспорта.
Также можно импортировать данные с помощью Мастера Импорта MATLAB, чтобы импортировать данные как текстовые файлы (такие как .txt и .dat), MAT-файлы и файлы электронной таблицы, (такие как .xls).
Мастер Импорта MATLAB обрабатывает источник данных. Мастер распознает разделители данных, а также строку или заголовки столбцов, чтобы упростить процесс выбора данных и импорта в рабочее пространство MATLAB. Можно импортировать данные к приложению SimBiology Model Analyzer от рабочего пространства MATLAB.
sbionmimport | groupedData | sbionmfiledef | readtable