SimBiology® программное обеспечение расширяет MATLAB® вычислительная среда для анализа фармакокинетического (PK) модели использования данных. Программное обеспечение позволяет вам сделать следующее:
Создайте модели — Использование мастер типовой конструкции. В качестве альтернативы расширьте любую модель с фармакодинамическим (PD) компоненты модели или создайте более высокие модели точности. См. Модель для получения дополнительной информации.
Подходящие данные — нелинейная Подгонка, модели смешанных эффектов к данным и оценка фиксированные и случайные эффекты или подгонка данные с помощью нелинейного метода наименьших квадратов. Для получения дополнительной информации смотрите, Анализируют Данные Используя Модели.
Сгенерируйте диагностические графики — Для получения дополнительной информации, смотрите, Анализируют Данные Используя Модели.
Программное обеспечение позволяет вам работать с различными структурами модели, таким образом позволяя вам попробовать многоуровневые модели, чтобы видеть, какой приводит к лучшим результатам.
Можно импортировать табличные данные в SimBiology Model Analyzer или рабочее пространство MATLAB. Поддерживаемыми типами файлов является .xls
, .csv
, и .txt
. Можно указать, что данные находятся в NONMEM® отформатированный файл. Процесс импорта интерпретирует столбцы согласно определениям NONMEM. Для получения дополнительной информации смотрите Импортирующие Данные.
SimBiology обеспечивает расширяемую среду моделирования. Можно сделать любое следующее:
Создайте модель PK с помощью мастера типовой конструкции, чтобы задать количество отсеков, пути введения и типа устранения.
Расширьте любую модель с фармакодинамическим (PD) компоненты модели или создайте более высокие модели точности.
Создайте или загрузите свой собственный SimBiology или модель SBML.
Для получения дополнительной информации смотрите то, Что Модель SimBiology?.
Выполните и индивидуума и подгонки населения к сгруппированным продольным данным:
Отдельная подгонка — Подходящие данные с помощью метода нелинейного метода наименьших квадратов, задайте преобразования параметра, оцените параметры и вычислите остаточные значения и предполагаемую содействующую ковариационную матрицу. Для рабочего процесса командной строки смотрите Подходящий Рабочий процесс для sbiofit. Для рабочего процесса приложения смотрите, Вычисляют Параметры NCA и Подбирают Модель к Данным PK/PD Используя Приложение SimBiology Model Analyzer.
Подгонка населения — Подходящие данные, задайте преобразования параметра и оцените фиксированные эффекты и случайные источники изменения на параметрах с помощью нелинейных моделей смешанных эффектов. Для рабочего процесса командной строки смотрите Нелинейные Смешанные Эффекты Моделировать Рабочий процесс.
Подгонка населения использование стохастического алгоритма — Подходящие данные, задайте преобразования параметра и оцените фиксированные эффекты и случайные источники изменения на параметрах, с помощью алгоритма Стохастической максимизации ожидания приближения (SAEM). SAEM более устойчив относительно начальных значений. Эта функциональность ослабляет предположение о постоянном ошибочном отклонении. Задать nlmefitsa
как имя функции оценки, когда вы запускаетесь sbiofitmixed
.
Кроме того, можно включить опцию ProgressPlot, чтобы получить живую обратную связь на состоянии оценки параметра.
Следующие примеры показывают, как оценить фармакокинетические параметры в командной строке.
Для примера приложения смотрите, Вычисляют Параметры NCA и Подбирают Модель к Данным PK/PD Используя Приложение SimBiology Model Analyzer.
Подтверждения для данных в tobramycin.txt
файл расположен в /matlab/toolbox/simbio/simbiodemos
папка. Набор данных обеспечивается доктором Леоном Аэронсом (laarons@fs1.pa.man.ac.uk
).
Данные в tobramycin.txt
файл был загружен с веб-сайта Средства Ресурса для кинетики Населения http://depts.washington.edu/rfpk/service/datasets/index.html
(более не активный). Источник финансирования: NIH/NIBIB предоставляют P41-EB01975.
Исходный набор данных был изменен можно следующим образом:
Комментарии заголовка были удалены.
Файл был преобразован в разграниченный вкладкой формат.
Отсутствующие значения в HT
столбец обозначался с ".
"вместо 100000000.000
.
[1] Исходная Публикация: Aarons L, Vozeh S, Wenk M, Вайс П и Фоллэт Ф. “Фармакокинетика населения tobramycin”. Бром J Clin Фармакол. 1 989 сентябрей; 28 (3):305–14.