Exponenta Banner

align2cigar

Преобразуйте выровненные последовательности в соответствующие подписи в формате CIGAR

свернуть все на странице

Синтаксис

[Cigars,Starts] = align2cigar(Alignment,Ref)

Описание

[Cigars,Starts] = align2cigar(Alignment,Ref) преобразовывает выровненные последовательности, представленные в Alignment, массиве ячеек выровненных векторов символов, вектора строки или символьного массива, в Cigars, массив ячеек соответствующих отформатированных СИГАРОЙ векторов символов или вектора строки, с помощью ссылочной последовательности, заданной Ref, вектором символов или строкой. Это также возвращает Starts, вектор целых чисел, указывающих на положение запуска каждой выровненной последовательности относительно несодержащей разрывы ссылочной последовательности.

Входные параметры

Alignment

Массив ячеек вектора символов, представьте в виде строки вектор или символьный массив, представляющий выровненные последовательности. Мягкие усечения приняты, чтобы быть представленными строчными буквами в выровненных последовательностях. Пропущенные положения приняты, чтобы быть представленными. в выровненных последовательностях.

Ref

Вектор символов или строка, задающая выровненную ссылочную последовательность. Длина Ref должна равняться количеству столбцов в Alignment.

Выходные аргументы

Cigars

Массив ячеек отформатированных СИГАРОЙ векторов символов или вектора строки, соответствующего каждой выровненной последовательности в Alignment.

Starts

Вектор целых чисел, указывающих на положение запуска каждой выровненной последовательности относительно несодержащей разрывы ссылочной последовательности.

Примеры

свернуть все

Скрипт Open Live Script

Этот пример показывает, как преобразовать выровненные строки в строки CIGAR

Создайте массив ячеек выровненных строк, создайте строку, задающую ссылочную последовательность, и затем преобразуйте выравнивание в строки CIGAR:

aln = ['ACG-ATGC'; 'ACGT-TGC'; '  GTAT-C']
aln = 3x8 char array
    'ACG-ATGC'
    'ACGT-TGC'
    '  GTAT-C'


ref =  'ACGTATGC';
[cigar, start] = align2cigar(aln, ref)
cigar = 1x3 cell array
    {'3=1D4='}    {'4=1D3='}    {'4=1D1='}


start = 1×3

     1     1     3

Смотрите также

| | | | |

Темы

Внешние веб-сайты

Представленный в R2010b

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка