align2cigar

Преобразуйте выровненные последовательности в соответствующие подписи в формате CIGAR

Синтаксис

[Cigars,Starts] = align2cigar(Alignment,Ref)

Описание

[Cigars,Starts] = align2cigar(Alignment,Ref) преобразовывает выровненные последовательности, представленные в Alignment, массиве ячеек выровненных векторов символов, вектора строки или символьного массива, в Cigars, массив ячеек соответствующих отформатированных СИГАРОЙ векторов символов или вектора строки, с помощью ссылочной последовательности, заданной Ref, вектором символов или строкой. Это также возвращает Starts, вектор целых чисел, указывающих на положение запуска каждой выровненной последовательности относительно несодержащей разрывы ссылочной последовательности.

Входные параметры

Alignment

Массив ячеек вектора символов, представьте в виде строки вектор или символьный массив, представляющий выровненные последовательности. Мягкие усечения приняты, чтобы быть представленными строчными буквами в выровненных последовательностях. Пропущенные положения приняты, чтобы быть представленными. в выровненных последовательностях.

Ref

Вектор символов или строка, задающая выровненную ссылочную последовательность. Длина Ref должна равняться количеству столбцов в Alignment.

Выходные аргументы

`Cigars`	Массив ячеек отформатированных СИГАРОЙ векторов символов или вектора строки, соответствующего каждой выровненной последовательности в `Alignment`.
`Starts`	Вектор целых чисел, указывающих на положение запуска каждой выровненной последовательности относительно несодержащей разрывы ссылочной последовательности.

Примеры

свернуть все

Преобразуйте выровненные последовательности в строки CIGAR

Скрипт Open Live Script

Этот пример показывает, как преобразовать выровненные строки в строки CIGAR

Создайте массив ячеек выровненных строк, создайте строку, задающую ссылочную последовательность, и затем преобразуйте выравнивание в строки CIGAR:

aln = ['ACG-ATGC'; 'ACGT-TGC'; '  GTAT-C']

aln = 3x8 char array
    'ACG-ATGC'
    'ACGT-TGC'
    '  GTAT-C'

ref =  'ACGTATGC';
[cigar, start] = align2cigar(aln, ref)

cigar = 1x3 cell array
    {'3=1D4='}    {'4=1D3='}    {'4=1D1='}

start = 1×3

     1     1     3

Темы

Управляйте последовательностью считанные данные в объектах

Внешние веб-сайты

Представленный в R2010b

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Памятка переводчика

1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.

2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.

3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.

4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.

5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.

Документация