Преобразуйте невыровненные последовательности в выровненные последовательности с помощью подписей в формате CIGAR
Alignment = cigar2align(Seqs,Cigars)
[GapSeq, Indices]
= cigar2align(Seqs,Cigars)
... = cigar2align(Seqs,Cigars,Name,Value)
Alignment = cigar2align(Seqs,Cigars)Seqs, массиве ячеек из символьных векторов или векторе строки, в Alignment, матрицу выровненных последовательностей, с помощью информации, хранившей в Cigars, массиве ячеек отформатированных СИГАРОЙ векторов символов или вектора строки.
[ преобразовывает невыровненные последовательности в GapSeq, Indices]
= cigar2align(Seqs,Cigars)Seqs, массиве ячеек из символьных векторов или векторе строки, в GapSeq, массив ячеек из символьных векторов выровненных последовательностей, и также возвращает Indices, вектор числовых индексов, с помощью информации, хранившей в Cigars, массиве ячеек отформатированных СИГАРОЙ векторов символов или вектора строки. Когда выравнивание имеет много столбцов, этот синтаксис использует меньше памяти и быстрее.
... = cigar2align( преобразовывает невыровненные последовательности в Seqs,Cigars,Name,Value)Seqs, массиве ячеек из символьных векторов или векторе строки, в Alignment, матрицу выровненных последовательностей, с помощью информации, хранившей в Cigars, массиве ячеек отформатированных СИГАРОЙ векторов символов или вектора строки, с дополнительными опциями, заданными одним или несколькими аргументами пары Name,Value.
|
Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, содержащий невыровненные последовательности. |
|
Массив ячеек допустимых отформатированных СИГАРОЙ векторов символов или вектора строки. |
Укажите необязательные аргументы в виде пар ""имя, значение"", разделенных запятыми. Имя (Name) — это имя аргумента, а значение (Value) — соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.
|
Вектор положительных целых чисел, задающих ссылочное положение последовательности, в котором запускается каждая выровненная последовательность. По умолчанию каждая выровненная последовательность запускается в положении 1 ссылочной последовательности. |
|
Логическое определение, отобразить ли положения в выровненных последовательностях, которые соответствуют разрывам в ссылочной последовательности. Выбором является Значение по умолчанию: |
|
Логическое определение, включать ли символы в выровненные последовательности чтения, соответствующие мягким концам усечения. Выбором является Значение по умолчанию: |
|
Логическое определение, добавить ли дополнение, очищает слева от каждой выровненной последовательности чтения, чтобы представлять смещение положения запуска от первого положения ссылочной последовательности. Выбором является Значение по умолчанию: |
|
Матрица выровненных последовательностей, в которых количество строк равняется количеству векторов символов в |
|
Массив ячеек из символьных векторов выровненных последовательностей, в которых векторы символа числа равняется количеству векторов символов в |
|
Вектор числовых индексов, указывающих на стартовый столбец для каждой выровненной последовательности в
|
Создайте массив ячеек из символьных векторов, содержащий невыровненные последовательности, создайте массив ячеек соответствующих отформатированных СИГАРОЙ векторов символов, сопоставленных со ссылочной последовательностью ACGTATGC, и затем восстановите выравнивание:
r = {'ACGACTGC', 'ACGTTGC', 'AGGTATC'}; % unaligned sequences
c = {'3M1D1M1I3M', '4M1D1P3M', '5M1P1M1D1M'}; % cigar-formatted
aln1 = cigar2align(r, c)aln1 = ACG-ATGC ACGT-TGC AGGTAT-C
Восстановите то же выравнивание, чтобы отобразить положения в выровненных последовательностях, которые соответствуют разрывам в ссылочной последовательности:
aln2 = cigar2align(r, c,'GapsInRef',true)
aln2 = ACG-ACTGC ACGT--TGC AGGTA-T-C
Восстановите выравнивание, добавляющее дополнение смещения 5:
aln3 = cigar2align(r, c, 'start', [5 5 5], 'OffsetPad', true)
aln3 =
ACG-ATGC
ACGT-TGC
AGGTAT-CКогда cigar2align восстанавливает выравнивание, он не отображает трудно отсеченные положения (H) или мягкие отсеченные положения (S). Кроме того, это не рассматривает мягких отсеченных положений, как запускают положения для выровненных последовательностей.
Если ваша информация о CIGAR получена в свойстве Signature объекта BioMap, можно использовать метод getAlignment, чтобы создать выравнивание.
BioMap | align2cigar | getAlignment | getBaseCoverage | getCompactAlignment | seqalignviewer