Exponenta Banner

getAlignment

Класс: BioMap

Создайте выравнивание, представленное в объекте BioMap

Синтаксис

Alignment = getAlignment(BioObj, StartPos, EndPos)
Alignment = getAlignment(BioObj, StartPos, EndPos, R)
Alignment = getAlignment(..., 'ParameterName', ParameterValue)
[Alignment, Indices] = getAlignment(...)

Описание

Alignment = getAlignment(BioObj, StartPos, EndPos) возвращает Alignment, символьный массив, содержащий выровненные последовательности чтения от BioObj, объекта BioMap. Последовательности чтения должны выровняться в определенной области ссылочной последовательности, которая задана StartPos и EndPos, двумя положительными целыми числами, таким образом, что StartPos является меньше, чем EndPos, и оба меньше, чем длина ссылочной последовательности.

Alignment = getAlignment(BioObj, StartPos, EndPos, R) выбирает ссылку, где getAlignment восстанавливает выравнивание.

Alignment = getAlignment(..., 'ParameterName', ParameterValue) принимает один или несколько разделенное от запятой название параметра / пары значения. Задайте ParameterName в одинарных кавычках.

[Alignment, Indices] = getAlignment(...) возвращает Indices, вектор индексов, задающих последовательности чтения, которые выравниваются в определенной области ссылочной последовательности.

Входные параметры

BioObj

Объект класса BioMap.

StartPos

Положительное целое число, которое задает запуск области ссылочной последовательности. StartPos должен быть меньше, чем EndPos, и меньший, чем общая длина ссылочной последовательности.

EndPos

Положительное целое число, которое задает конец области ссылочной последовательности. EndPos должен быть больше, чем StartPos и меньшим, чем общая длина ссылочной последовательности.

R

Положительное целое число, индексирующее свойство SequenceDictionary BioObj, или вектор символов или строку, задающую подлинное имя ссылки.

Аргументы в виде пар имя-значение

'OffsetPad'

Задает, если дополнение пробелов добавляется в начале каждой выровненной последовательности, чтобы представлять смещение положения запуска каждой выровненной последовательности относительно ссылки. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Выходные аргументы

Alignment

Символьный массив, содержащий выровненные последовательности чтения от BioObj, которые выравниваются в определенной области ссылочной последовательности. Каждая строка символьного массива содержит выровненную последовательность того, то есть, положения последовательности, которые находятся в пределах заданной области ссылочной последовательности. Каждая выровненная последовательность может включать разрывы.

Indices

Вектор индексов, задающих последовательности чтения от BioObj, которые выравниваются в определенной области ссылочной последовательности.

Примеры

Создайте объект BioMap, и затем восстановите выравнивание между положениями 10 и 25 ссылочной последовательности:

% Construct a BioMap object from a SAM file 
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Construct the alignment between positions 10 and 25 of the
% reference sequence. 
Alignment = getAlignment(BMObj1, 10, 25)
Alignment =

CTCATTGTAAATGTGT
CTCATTGTAAATGTGT
CTCATTGTAAATGTGT
CTCATTGTAATTTTTT
CTCATTGTAAATGTGT
   ATTGTAAATGTGT
   ATTGTAAATGTGT
     TGTAAATGTGT
        AAATGTGT
            GTGT
            GTGT
              GT

Алгоритмы

getAlignment принимает, что ссылочная последовательность не имеет никаких разрывов. Поэтому положения в чтениях, соответствующих вставкам (I) и дополняющих (P), не появляются в выравнивании.

Поскольку мягкие отсеченные положения (S) не сопоставлены с положениями, которые выравниваются к ссылочной последовательности, они не появляются в выравнивании.

Пропущенное положение (N) появляется как . (период) в выравнивании.

Трудно отсеченные положения (H) не появляются в последовательностях или выравнивании.

Смотрите также

| | | |

Темы

Внешние веб-сайты

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка