Класс: BioMap
Создайте выравнивание, представленное в объекте BioMap
Alignment = getAlignment(BioObj, StartPos, EndPos)
Alignment = getAlignment(BioObj, StartPos, EndPos, R)
Alignment = getAlignment(...,
'ParameterName', ParameterValue)
[Alignment, Indices]
= getAlignment(...)
Alignment = getAlignment(BioObj, StartPos, EndPos)Alignment, символьный массив, содержащий выровненные последовательности чтения от BioObj, объекта BioMap. Последовательности чтения должны выровняться в определенной области ссылочной последовательности, которая задана StartPos и EndPos, двумя положительными целыми числами, таким образом, что StartPos является меньше, чем EndPos, и оба меньше, чем длина ссылочной последовательности.
Alignment = getAlignment(BioObj, StartPos, EndPos, R)getAlignment восстанавливает выравнивание.
Alignment = getAlignment(...,
'ParameterName', ParameterValue)ParameterName в одинарных кавычках.
[ возвращает Alignment, Indices]
= getAlignment(...)Indices, вектор индексов, задающих последовательности чтения, которые выравниваются в определенной области ссылочной последовательности.
|
Объект класса |
|
Положительное целое число, которое задает запуск области ссылочной последовательности. |
|
Положительное целое число, которое задает конец области ссылочной последовательности. |
|
Положительное целое число, индексирующее свойство |
|
Задает, если дополнение пробелов добавляется в начале каждой выровненной последовательности, чтобы представлять смещение положения запуска каждой выровненной последовательности относительно ссылки. Выбором является |
|
Символьный массив, содержащий выровненные последовательности чтения от |
|
Вектор индексов, задающих последовательности чтения от |
Создайте объект BioMap, и затем восстановите выравнивание между положениями 10 и 25 ссылочной последовательности:
% Construct a BioMap object from a SAM file
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Construct the alignment between positions 10 and 25 of the
% reference sequence.
Alignment = getAlignment(BMObj1, 10, 25)Alignment =
CTCATTGTAAATGTGT
CTCATTGTAAATGTGT
CTCATTGTAAATGTGT
CTCATTGTAATTTTTT
CTCATTGTAAATGTGT
ATTGTAAATGTGT
ATTGTAAATGTGT
TGTAAATGTGT
AAATGTGT
GTGT
GTGT
GTgetAlignment принимает, что ссылочная последовательность не имеет никаких разрывов. Поэтому положения в чтениях, соответствующих вставкам (I) и дополняющих (P), не появляются в выравнивании.
Поскольку мягкие отсеченные положения (S) не сопоставлены с положениями, которые выравниваются к ссылочной последовательности, они не появляются в выравнивании.
Пропущенное положение (N) появляется как . (период) в выравнивании.
Трудно отсеченные положения (H) не появляются в последовательностях или выравнивании.
BioMap | align2cigar | cigar2align | getBaseCoverage | getCompactAlignment