getHeader

Получите заголовки последовательности из объекта

свернуть все на странице

Синтаксис

headers = getHeader(object)

subsetHeaders = getHeader(object,subset)

Описание

пример

headers = getHeader(object) возвращает последовательность headers (имена) от объекта BioRead или BioMap.

пример

subsetHeaders = getHeader(object,subset) возвращает информацию о заголовке subsetHeaders только для объектных элементов, указанных subset.

Примеры

свернуть все

Получите информацию о заголовке последовательности

Попробовать в MATLAB

Храните данные о чтении из SAM-отформатированного файла в объекте BioRead.

br = BioRead('ex1.sam')

br = 
  BioRead with properties:

     Quality: [1501x1 File indexed property]
    Sequence: [1501x1 File indexed property]
      Header: [1501x1 File indexed property]
       NSeqs: 1501
        Name: ''

Получите информацию о заголовке последовательности.

allHeaders = getHeader(br);

Получите информацию о заголовке последовательности из первых и третьих элементов в объекте.

subset = getHeader(br,[1 3])

subset = 2x1 cell array
    {'B7_591:4:96:693:509'}
    {'EAS51_64:8:5:734:57'}

Используйте логический вектор, чтобы получить ту же информацию.

subset2 = getHeader(br,[true false true])

subset2 = 2x1 cell array
    {'B7_591:4:96:693:509'}
    {'EAS51_64:8:5:734:57'}

Доступ к каждому свойству объекта при помощи записи через точку.

allHeaders  = br.Header;
subset      = br.Header([1 3])

subset = 2x1 cell array
    {'B7_591:4:96:693:509'}
    {'EAS51_64:8:5:734:57'}

Входные параметры

свернуть все

`объект` Объект, содержащий считанные данные
Объект `BioRead` | объект `BioMap`

Объект, содержащий данные о чтении, заданные как объект BioRead или BioMap.

Пример: bioreadObj

`\subset` Подмножество элементов в объекте
вектор положительных целых чисел | логический вектор | представляет вектор в виде строки | массив ячеек из символьных векторов

Подмножество элементов в объекте, заданном как вектор положительных целых чисел, логический вектор, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, содержащий допустимые заголовки последовательности.

Пример: [1 3]