Exponenta Banner

setSequence

Обновите последовательности чтения

свернуть все на странице

Синтаксис

newObject = setSequence(object,sequenceInfo)
newObject = setSequence(object,sequenceInfo,subset)

Описание

пример

newObject = setSequence(object,sequenceInfo) возвращает новый объект, который является копией object с набором свойств Sequence к sequenceInfo.

пример

newObject = setSequence(object,sequenceInfo,subset) возвращает новый объект, который является копией object со свойством Sequence подмножества набора элементов к sequenceInfo. Непосредственное отношение должно существовать между номером и порядком элементов в sequenceInfo и subset.

Примеры

свернуть все

Скрипт Open Live Script

Храните данные о чтении из SAM-отформатированного файла в объекте BioRead. Установите 'InMemory' на true загружать объект в память так, чтобы можно было изменить ее свойства.

br = BioRead('SRR005164_1_50.fastq','InMemory',true)
br = 
  BioRead with properties:

     Quality: {50x1 cell}
    Sequence: {50x1 cell}
      Header: {50x1 cell}
       NSeqs: 50
        Name: ''

Проверяйте последовательности чтения первых трех элементов объекта.

br.Sequence(1:3)
ans = 3x1 cell array
    {'TGGCTTTAAAGCAGAACTTGTGAAAGAAGGAAAGCATTATGATTATCTGGCTAAGCTTAGCATTGTTTAGAA'                                                                                                     }
    {'TTACACTATCCTCTGATTACCAAAGACGTTTCTCGGTCATACAGACAGTCCTTGAGCAAGGGAAGAATTTATTTGCAGGCAAAAAAGTGTCCAACCGTATCGTGAGTATCGACCGGCATTACCTT'                                                }
    {'CACGAGCGGTATATTTGCCTTTTTGTGCTGTGATTCGATTCTTTTCTCTCCTCCACCCAAGCGAGCTTGCTCACGAAGTGCGATGAGCTCTTTTACTTTTCAAGCTGGTTACTCATTGTATTTTGATTTGTTGTTAGAAATGAACGGATTAATTATTTGTTGCCCGGCATGCA'}

Сгенерируйте случайные последовательности для первых трех чтений. Используйте функцию randseq, чтобы сгенерировать случайные последовательности с той же длиной как исходные последовательности.

sequenceInfo = cell(3,1);
rng('default');
for i = 1:3
    sequenceInfo{i} = randseq(length(br.Quality{i}));
end
sequenceInfo
sequenceInfo = 3x1 cell array
    {'TTATGACGTTATTCTACTTTGATTGTGCGAGACAATGCTACCTTACCGGTCGGAACTCGATCGGTTGAACTC'                                                                                                     }
    {'TATCACGCCTGGTCTTCGAAGTTAGCACATCGAGCGGGCAATATGTACATATTTACCTCTACAATGGATGCGCAAAAACATTCCCTCATCACAATTGAACTAAAGGGCGCGAGACGTATTCCCCG'                                                }
    {'GTTGCTGCTTGGGACCATAAAACCTCATTCACCGCGGAACCCGACTATGCGACTGGACGGCCTATTTACCGAGAGCTGTTCGAAGGCTGGTTGAATACATGGCAGAAGATTGAGGTGTCCTAAACTTACGCGGCCATAACACCTTAGCCGTCTCGGGGGAATAAGTGACCTAT'}

Обновите последовательности первых трех элементов. br2 является копией br с обновленными последовательностями чтения. Если необходимо обновить сам объект br, установите его как вывод функции.

br2 = setSequence(br,sequenceInfo,[1:3]);
br2.Sequence(1:3)
ans = 3x1 cell array
    {'TTATGACGTTATTCTACTTTGATTGTGCGAGACAATGCTACCTTACCGGTCGGAACTCGATCGGTTGAACTC'                                                                                                     }
    {'TATCACGCCTGGTCTTCGAAGTTAGCACATCGAGCGGGCAATATGTACATATTTACCTCTACAATGGATGCGCAAAAACATTCCCTCATCACAATTGAACTAAAGGGCGCGAGACGTATTCCCCG'                                                }
    {'GTTGCTGCTTGGGACCATAAAACCTCATTCACCGCGGAACCCGACTATGCGACTGGACGGCCTATTTACCGAGAGCTGTTCGAAGGCTGGTTGAATACATGGCAGAAGATTGAGGTGTCCTAAACTTACGCGGCCATAACACCTTAGCCGTCTCGGGGGAATAAGTGACCTAT'}

Можно также обновить последовательности объекта br непосредственно с помощью записи через точку.

br.Sequence(1:3) = sequenceInfo;
br.Sequence(1:3)
ans = 3x1 cell array
    {'TTATGACGTTATTCTACTTTGATTGTGCGAGACAATGCTACCTTACCGGTCGGAACTCGATCGGTTGAACTC'                                                                                                     }
    {'TATCACGCCTGGTCTTCGAAGTTAGCACATCGAGCGGGCAATATGTACATATTTACCTCTACAATGGATGCGCAAAAACATTCCCTCATCACAATTGAACTAAAGGGCGCGAGACGTATTCCCCG'                                                }
    {'GTTGCTGCTTGGGACCATAAAACCTCATTCACCGCGGAACCCGACTATGCGACTGGACGGCCTATTTACCGAGAGCTGTTCGAAGGCTGGTTGAATACATGGCAGAAGATTGAGGTGTCCTAAACTTACGCGGCCATAACACCTTAGCCGTCTCGGGGGAATAAGTGACCTAT'}

Входные параметры

свернуть все

Объект, содержащий данные о чтении, заданные как объект BioRead или BioMap. Если объект не хранится в памяти, вы не можете изменить ее свойства, кроме свойства Name.

Пример: readData

Считайте последовательности, заданные как массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, содержащий последовательности нуклеотида.

Пример: {'TGGCTTC','AAAGCAGTACG'}

Подмножество элементов в объекте, заданном как вектор положительных целых чисел, логический вектор, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, содержащий допустимые заголовки последовательности.

Пример: [1 3]

Совет

Когда вы используете заголовок последовательности (или массив ячеек заголовков) для subset, повторный заголовок указывает все элементы с тем заголовком.

Выходные аргументы

свернуть все

Новый объект с обновленными свойствами, возвращенными как объект BioRead или BioMap.

Смотрите также

|

Темы

Представленный в R2010a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка