setSubsequence

Обновите частичные последовательности

свернуть все на странице

Синтаксис

newObject = setSubsequence(object,subsequences,subset,positions)

Описание

пример

newObject = setSubsequence(object,subsequences,subset,positions) возвращает новый объект, который является копией object с частичными последовательностями подмножества набора элементов к subsequences. Аргумент positions задает положения последовательности, которые будут обновлены subsequences. Непосредственное отношение должно существовать между номером и порядком элементов в subsequences и subset.

Примеры

свернуть все

Скрипт Open Live Script

Храните данные о чтении из SAM-отформатированного файла в объекте BioRead. Установите 'InMemory' на true загружать объект в память так, чтобы можно было изменить ее свойства.

br = BioRead('SRR005164_1_50.fastq','InMemory',true)
br = 
  BioRead with properties:

     Quality: {50x1 cell}
    Sequence: {50x1 cell}
      Header: {50x1 cell}
       NSeqs: 50
        Name: ''

Примите, что вы хотите обновить последовательности первых двух чтений частично (например, первых пяти положений). Сначала проверяйте существующие последовательности.

br.Sequence(1:2)
ans = 2x1 cell array
    {'TGGCTTTAAAGCAGAACTTGTGAAAGAAGGAAAGCATTATGATTATCTGGCTAAGCTTAGCATTGTTTAGAA'                                                     }
    {'TTACACTATCCTCTGATTACCAAAGACGTTTCTCGGTCATACAGACAGTCCTTGAGCAAGGGAAGAATTTATTTGCAGGCAAAAAAGTGTCCAACCGTATCGTGAGTATCGACCGGCATTACCTT'}

Задайте подпоследовательности. Каждая подпоследовательность должна иметь ту же длину.

subSequences = {'ATTCG','TACTA'}
subSequences = 1x2 cell array
    {'ATTCG'}    {'TACTA'}

Обновите первые пять положений первых двух чтений. Количество положений должно равняться длине каждой подпоследовательности. В этом примере общее количество положений равняется пяти, как длина каждой подпоследовательности. br2 является копией br с обновленными последовательностями чтения. Если необходимо обновить сам объект br, установите его как вывод функции. 

positions   = [1:5];
subset      = [1 2];
br2         = setSubsequence(br,subSequences,subset,positions);
br2.Sequence(1:2)
ans = 2x1 cell array
    {'ATTCGTTAAAGCAGAACTTGTGAAAGAAGGAAAGCATTATGATTATCTGGCTAAGCTTAGCATTGTTTAGAA'                                                     }
    {'TACTACTATCCTCTGATTACCAAAGACGTTTCTCGGTCATACAGACAGTCCTTGAGCAAGGGAAGAATTTATTTGCAGGCAAAAAAGTGTCCAACCGTATCGTGAGTATCGACCGGCATTACCTT'}

Входные параметры

свернуть все

Объект, содержащий данные о чтении, заданные как объект BioRead или BioMap. Если объект не хранится в памяти, вы не можете изменить ее свойства, кроме свойства Name.

Пример: readData

Частичные последовательности чтения, заданные как массив ячеек из символьных векторов или вектор строки. Каждый вектор символов или строка (то есть, каждая последовательность) должны быть той же длиной.

Пример: {'TGGCTTC','AAAGCAG'}

Подмножество элементов в объекте, заданном как вектор положительных целых чисел, логический вектор, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, содержащий допустимые заголовки последовательности.

Пример: [1 3]

Совет

Когда вы используете заголовок последовательности (или массив ячеек заголовков) для subset, повторный заголовок указывает все элементы с тем заголовком.

Положения последовательности, заданные как вектор положительных целых чисел или логический вектор. Количество положений должно равняться длине каждого вектора символов или строки в subsequences.

Пример: [1:5]

Выходные аргументы

свернуть все

Новый объект с обновленными свойствами, возвращенными как объект BioRead или BioMap.

Смотрите также

|

Темы

Представленный в R2010a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте