запись

Запишите содержимое объекта BioRead или BioMap зарегистрировать

свернуть все на странице

Синтаксис

write(object,fName)
write(object,fName,Name,Value)

Описание

пример

write(object,fName) пишет содержимое объекта BioRead или BioMap в файл с именем fName.

пример

write(object,fName,Name,Value) дополнительные опции использования заданы одним или несколькими аргументами пары "имя-значение". Например, write(object,'data','Format','FASTQ') сохраняет содержимое объекта в FASTQ-отформатированном файле data.fastq.

Примеры

свернуть все

Создайте объект BioRead из файла FASTQ.

BRObj = BioRead('SRR005164_1_50.fastq');

Извлеките первые 10 элементов от BRObj и сохраните их в новом объекте.

subsetBRObj = getSubset(BRObj, [1:10]);

Запишите содержимое данных о подмножестве в файл с именем subsetData.fastq в локальном диске C. По умолчанию файл FASTQ-отформатирован, потому что объект содержит качественные данные.

write(subsetBRObj, 'C:\subsetData');

Входные параметры

свернуть все

Объект, содержащий данные о чтении, заданные как объект BioRead или BioMap.

Пример: bioreadObj

Имя файла, где содержимое object записано, задало как вектор символов или строка.

Функция добавляет расширение файла автоматически в зависимости от типа данных, которые содержит объект. Если вы обеспечиваете расширение, функция проверяет на непротиворечивость между расширением и форматом данных объекта. Имя файла может быть снабжено префиксом путем к файлу. Если путь отсутствует, функция записывает файл в ту же папку, где исходный файл расположен или в текущую папку, если данные находятся в памяти.

Пример: 'output'

Типы данных: char

Аргументы в виде пар имя-значение

Укажите необязательные аргументы в виде пар ""имя, значение"", разделенных запятыми. Имя (Name) — это имя аргумента, а значение (Value) — соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

Пример: write(object,'data','Format','FASTQ') сохраняет содержимое объекта в FASTQ-отформатированном файле data.fastq.

Формат файла, заданный как пара, разделенная запятой, состоящая из 'Format' и вектора символов или строки.

Для объектов BioRead доступными форматами является 'FASTA' и 'FASTQ'. Форматом по умолчанию является 'FASTA', если объект не содержит качества, то есть, свойство Quality пусто. В противном случае форматом по умолчанию является 'FASTQ'.

Для объектов BioMap доступными форматами является 'FASTA', 'FASTQ', 'SAM' и 'BAM' (значение по умолчанию).

Пример: 'Format','FASTA'

Типы данных: char

Булев индикатор, чтобы перезаписать существующий файл, заданный как пара, разделенная запятой, состоящая из 'Overwrite' и true или false. Если true, функция перезаписывает файл и удаляет какой-либо соответствующий индексный файл (*.idx,*.bai,*.linearindex) или упорядоченный файл (*.ordered.bam, *.ordered.sam), который больше не необходим.

Пример: 'Overwrite',true

Типы данных: логический

Смотрите также

|

Темы

Представленный в R2010a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте