Получите филогенетические древовидные данные от базы данных PFAM
Tree = gethmmtree(PFAMName)
Tree = gethmmtree(PFAMAccessionNumber)
Tree = gethmmtree(PFAMNumber)
Tree = gethmmtree(...'ToFile', ToFileValue,
...)
PFAMName | Вектор символов, задающий имя семейства белков (уникальный идентификатор) HMM, профилирует запись в базе данных PFAM. Например, '7tm_2'. |
PFAMAccessionNumber | Вектор символов, задающий инвентарный номер семейства белков HMM, профилирует запись в базе данных PFAM. Например, 'PF00002'. |
PFAMNumber | Целое число, задающее количество семейства белков HMM, профилирует запись в базе данных PFAM. Например, 2 является номером семейства белков для семейства белков PF0002. |
ToFileValue | Свойство задать местоположение и имя файла для того, чтобы сохранить данные. Введите или имя файла или путь и имя файла, поддержанное вашей системой (текстовый ASCII-файл). |
Tree | Объект, содержащий филогенетического древовидного представителя семейства белков. |
Tree = gethmmtree(PFAMName)PFAMName, именем семейства белков, получает информацию и возвращает Tree, объект, содержащий филогенетического древовидного представителя семейства белков.
Tree = gethmmtree(PFAMAccessionNumber)PFAMAccessionNumber, инвентарным номером семейства белков, получает информацию и возвращает Tree, объект, содержащий филогенетического древовидного представителя семейства белков.
Tree = gethmmtree(PFAMNumber)PFAMNumber, целого числа, ищет базу данных PFAM связанную запись, получает информацию и возвращает Tree, объект, содержащий филогенетического древовидного представителя семейства белков.
Tree = gethmmtree(...'PropertyName', PropertyValue, ...) gethmmtree с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
сохраняет данные, возвращенные в базу данных PFAM в файле Tree = gethmmtree(...'ToFile', ToFileValue,
...)ToFileValue.
Чтобы загрузить дерево 'seed', используйте gethmmtree без любых дополнительных входных параметров. Чтобы получить дерево 'full', можно использовать функцию gethmmalignment, чтобы загрузить выравнивание 'full' и создать дерево с помощью seqpdist и функций seqneighjoin, как проиллюстрировано в следующем примере.
Получите филогенетическое дерево, созданное из нескольких - выровненные последовательности раньше обучали модель профиля HMM глобальному выравниванию. Инвентарный номер PFAM PF00002 для 7-трансмембранного белка приемника в семействе секретинов.
tree = gethmmtree('PF00002');
Восстановите дерево 'full' для того же семейства путем загрузки полного, несколько упорядочивают выравнивание и создание дерева с помощью функций seqneighjoin и seqdist. Может потребоваться некоторое значительное количество времени, чтобы вычислить дерево для больших семей.
seqs = gethmmalignment('PF00002','type','full'); dis = seqpdist(seqs); tree = seqneighjoin(dis,'equivar',seqs);