Считайте филогенетический древовидный файл
Tree = phytreeread(File)
[Tree, Boot]=
phytreeread(File)
File | Вектор символов или строка, задающая Newick-или отформатированный Nexus древовидный файл (текстовый ASCII-файл) имя, путь и имя файла или URL, указывающий на файл. Для формата дерева Nexus читается только одно дерево от первого блока |
Tree | Объект |
Boot | Вектор-столбец значений начальной загрузки для каждого древовидного узла задан в
|
Tree = phytreeread(File)
Древовидный формат NEWICK может быть найден в:
Формат дерева NEXUS может быть найден в:
Эта реализация позволяет только двоичные деревья. Недвоичные деревья переводятся в двоичное дерево с дополнительными ответвлениями длины 0.
[ возвращает Tree, Boot]=
phytreeread(File)Boot, вектор-столбец значений начальной загрузки для каждого древовидного узла, заданного в File. Если File не задает значение начальной загрузки для узла, он возвращает значение NaN для того узла. phytreeread полагает, что следующие значения в File значения начальной загрузки:
Значения в квадратных скобках ([]) после ответвления или длин вершины (только для Newick-отформатированных деревьев)
Значения, которые появляются вместо ответвления или меток вершины (и для Newick-и для отформатированных Nexus деревьев)
tr = phytreeread('pf00002.tree')
Phylogenetic tree object with 33 leaves (32 branches)tr2 = phytreeread('pf00002.nex')Phylogenetic tree object with 33 leaves (32 branches)