Суперклассы:
Содержите аннотации Формата переноса генов (GTF)
Класс GTFAnnotation содержит аннотации для одной или нескольких ссылочных последовательностей, соответствуя формату файла GTF.
Вы создаете объект GTFAnnotation из отформатированного GTF файла. Каждый элемент в объекте представляет аннотацию. Используйте свойства объектов и методы, чтобы отфильтровать аннотации функцией, ссылочной последовательностью или ссылочным положением последовательности. Используйте методы объекта извлечь данные для подмножества аннотаций в массив структур.
Annotobj =
GTFAnnotation(File)Annotobj, объект GTFAnnotation, от File, отформатированного GTF файла.
|
Вектор символов или строка, задающая отформатированный GTF файл. |
|
Массив ячеек из символьных векторов, задающий имена доступных полей данных для каждой аннотации в объекте |
|
Целочисленное количество определения аннотаций в объекте |
| getData | Создайте структуру, содержащую подмножество данных из объекта GTFAnnotation |
| getExons | Возвратите таблицу экзонов от объекта GTFAnnotation |
| getFeatureNames | Получите имена уникальной функции из объекта GTFAnnotation |
| getGeneNames | Получите уникальные названия генов из объекта GTFAnnotation |
| getGenes | Возвратите таблицу уникальных генов в объекте GTFAnnotation |
| getIndex | Возвратите индексный массив аннотаций от объекта GTFAnnotation |
| getRange | Получите область значений аннотаций от объекта GTFAnnotation |
| getReferenceNames | Получите ссылочные имена из объекта GTFAnnotation |
| getSegments | Возвратите таблицу неперекрывающихся сегментов от объекта GTFAnnotation |
| getSubset | Создайте объект, содержащий подмножество элементов от объекта GTFAnnotation |
| getTranscriptNames | Получите уникальные имена расшифровки стенограммы из объекта GTFAnnotation |
| getTranscripts | Возвратите таблицу уникальных расшифровок стенограммы в объекте GTFAnnotation |
Значение. Чтобы изучить, как классы значения влияют на операции копии, смотрите Копирование Объектов (MATLAB).
GTFAnnotation возражает точке поддержки. индексация, чтобы извлечь свойства.
Создайте объект GTFAnnotation из отформатированного GTF файла, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox™:
GTFAnnotObj = GTFAnnotation('hum37_2_1M.gtf')GTFAnnotObj =
GTFAnnotation with properties:
FieldNames: {1x11 cell}
NumEntries: 308