getIndex

Возвратите индексный массив аннотаций от объекта GTFAnnotation

Синтаксис

Idx = getIndex(AnnotObj) Idx = getIndex(AnnotObj,StartPos,EndPos) Idx = getIndex(___,Name,Value)

Описание

Idx = getIndex(AnnotObj) возвращает индексный массив Idx, массив целых чисел, содержащих индекс каждой аннотации в AnnotObj.

Idx = getIndex(AnnotObj,StartPos,EndPos) возвращает индексный массив Idx для подмножества элементов, которое находится в пределах каждой ссылочной области значений последовательности, заданной StartPos и EndPos.

Idx = getIndex(___,Name,Value) возвращает индексный массив Idx, с помощью любого из входных параметров от предыдущих синтаксисов и дополнительных опций, заданных одним или несколькими аргументами пары Name,Value.

Входные параметры

`AnnotObj`	Объект класса `GTFAnnotation`.
`StartPos`	Неотрицательное целое число, задающее запуск области значений в каждой ссылочной последовательности в `AnnotObj`. Целочисленный `StartPos` должен быть меньше чем или равен `EndPos`.
`EndPos`	Неотрицательное целое число, задающее конец области значений в каждой ссылочной последовательности в `AnnotObj`. Целочисленный `EndPos` должен быть больше, чем или равным `StartPos`.

Аргументы в виде пар имя-значение

Укажите необязательные аргументы в виде пар ""имя, значение"", разделенных запятыми. Имя (Name) — это имя аргумента, а значение (Value) — соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

`'Reference'`	Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько ссылочных последовательностей в `AnnotObj`. Только индексы аннотаций, поле ссылки которых совпадает с одной из заданных ссылок, включены в `Idx`.
`'Feature'`	Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько функций в `AnnotObj`. Только индексы аннотаций, поле функции которых совпадает с одной из заданных функций, включены в `Idx`.
`'Gene'`	Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько генов в `AnnotObj`. Только аннотации, генное поле которых совпадает с одним из заданных генов, включены в `AnnotStruct`.
`'Transcript'`	Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько расшифровок стенограммы в `AnnotObj`. Только аннотации, поле расшифровки стенограммы которых совпадает с одной из заданных расшифровок стенограммы, включены в `AnnotStruct`.
`'Overlap'`	Минимальное количество основных положений, которые аннотация должна перекрыть в области значений, чтобы включать ее индекс в `Idx`. Это значение может быть любым следующим: Положительное целое число `полный` Аннотация должна полностью содержаться в области значений, которая будет включена. `запуск` Положение запуска аннотации должно лечь в области значений, которая будет включена. Значение по умолчанию: `1`

Выходные аргументы

Idx

Массив целых чисел, представляющих индексы элементов в AnnotObj.

Примеры

Пример 37. Получите индексы аннотаций от объекта GTFAnnotation

Создайте объект GTFAnnotation с помощью отформатированного GTF файла, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox™.

GTFAnnotObj = GTFAnnotation('hum37_2_1M.gtf');

Извлеките индексы аннотаций для положений 210 000 - 220 000 от ссылочной последовательности.

Idx = getIndex(GTFAnnotObj,210000,220000)

Idx =

     7
    15
    16
    17
    36
    47
    48
    49
    69
    70
    71
    89
    99
   111
   112
   113