Класс: GTFAnnotation
Создайте объект, содержащий подмножество элементов от объекта GTFAnnotation
NewObj = getSubset(AnnotObj,StartPos,EndPos)
NewObj = getSubset(AnnotObj,Subset)
NewObj = getSubset(___,Name,Value)
NewObj = getSubset(AnnotObj,StartPos,EndPos)NewObj, новый объект, содержащий подмножество элементов от AnnotObj, который находится в пределах каждой ссылочной области значений последовательности, заданной StartPos и EndPos.
NewObj = getSubset(AnnotObj,Subset)NewObj, новый объект, содержащий подмножество элементов, указанных Subset, вектором целых чисел.
NewObj = getSubset(___,Name,Value)NewObj, новый объект, содержащий подмножество элементов от AnnotObj, с помощью любого из входных параметров от предыдущих синтаксисов и дополнительных опций, заданных одним или несколькими аргументами пары Name,Value.
|
Объект класса |
|
Неотрицательное целое число, задающее запуск области значений в каждой ссылочной последовательности в |
|
Неотрицательное целое число, задающее конец области значений в каждой ссылочной последовательности в |
|
Вектор положительных целых чисел, меньше чем или равных количеству записей в объекте. Используйте векторный |
Укажите необязательные аргументы в виде пар ""имя, значение"", разделенных запятыми. Имя (Name) — это имя аргумента, а значение (Value) — соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.
|
Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько ссылочных последовательностей в |
|
Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько функций в |
|
Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько генов в |
|
Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько расшифровок стенограммы в |
|
Минимальное количество основных положений, которые аннотация должна перекрыть в области значений, чтобы быть включенной в
Значение по умолчанию: |
|
Объект класса |
Создайте объект GTFAnnotation с помощью отформатированного GTF файла, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox™.
GTFAnnotObj = GTFAnnotation('hum37_2_1M.gtf');
Создайте подмножество данных, содержащих только функции CDS.
subsetGTF = getSubset(GTFAnnotObj,'Feature','CDS')
subsetGTF =
GTFAnnotation with properties:
FieldNames: {1x11 cell}
NumEntries: 92Создайте объект GTFAnnotation с помощью отформатированного GTF файла, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox.
GTFAnnotObj = GTFAnnotation('hum37_2_1M.gtf');Получите подмножество данных сначала к пятым элементам GTFAnnotObj.
subsetGTF1 = getSubset(GTFAnnotObj,[1:5])
subsetGTF1 =
GTFAnnotation with properties:
FieldNames: {1x11 cell}
NumEntries: 5Получите только первые, пятые и восьмые элементы GTFAnnotObj.
subsetGTF2 = getSubset(GTFAnnotObj,[1 5 8])
subsetGTF2 =
GTFAnnotation with properties:
FieldNames: {1x11 cell}
NumEntries: 3Метод getSubset выбирает аннотации из области значений, заданной StartPos и EndPos для каждой ссылочной последовательности в AnnotObj, если вы не используете аргумент пары "имя-значение" 'Reference', чтобы ограничить ссылочные последовательности.
После создания объекта из подмножества можно получить доступ к количеству записей, области значений ссылочных последовательностей, охваченных аннотациями, именами полей и ссылочными именами. Чтобы получить доступ к значениям всех полей, создайте структуру данных с помощью метода GTFAnnotation.getData.