Запишите нескольким выравнивание в файл
multialignwrite(File, Alignment)
multialignwrite(..., 'Format', FormatValue,
...)
multialignwrite(..., 'Header', HeaderValue,
...)
multialignwrite(..., 'WriteCount', WriteCountValue,
...)
multialignwrite( записывает содержимое выравнивания к ClustalW ALN-отформатированный или MSF-отформатированный файл (по умолчанию).File, Alignment)
multialignwrite(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) multialignwrite с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Заключите каждый PropertyName в одинарные кавычки. Каждый PropertyName является нечувствительным к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
multialignwrite(..., 'Format', задает формат файла. FormatValue,
...)FormatValue может быть 'ALN' (значение по умолчанию) или 'MSF'.
multialignwrite(..., 'Header', задает первую строку файла. Значением по умолчанию для HeaderValue,
...)HeaderValue является 'MATLAB multiple sequence alignment'.
multialignwrite(..., 'WriteCount', задает, добавить ли количества остатка в конец каждой строки. WriteCountValue,
...)WriteCountValue может быть true (значение по умолчанию) или false.
|
Выравнивание, такой, как возвращено функцией |
|
Вектор символов или строка, задающая или имя файла или путь и имя файла для того, чтобы сохранить данные. Если вы задаете только имя файла, файл сохранен в Браузер текущей папки MATLAB®. СоветЕсли вы используете расширение Ниже столбцов ClustalW ALN-отформатированный файл символы могут появиться, которые обозначают:
Для получения дополнительной информации об этих символах и группах остатков, рассмотренных сохраненными и полусохраненными, смотрите раздел 12 в “Изменениях начиная с версии 1.6” в |
|
Вектор символов или строка, которая задает формат СоветМожно также записать в MSF-отформатированный файл при помощи расширения |
|
Вектор символов или строка, которая задает первую строку файла. СоветИспользуйте свойство Значение по умолчанию: |
|
Задает, добавить ли количества остатка в конец каждой строки. Выбором является |
Используйте функцию fastaread, чтобы считать p53samples.txt, FASTA-отформатированный файл, включенный с программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™, которое содержит семь сотовых антигенов опухоли p53 последовательности.
p53 = fastaread('p53samples.txt')
p53 =
7x1 struct array with fields:
Header
SequenceИспользуйте функцию multialign, чтобы выровнять семь сотовых антигенов опухоли p53 последовательности.
ma = multialign(p53,'verbose',true);Запишите выравнивание в файл с именем p53.aln.
multialignwrite('p53.aln',ma)fastaread | fastawrite | gethmmalignment | multialign | multialignread | phytreewrite | seqalignviewer | seqconsensus | seqdisp | seqprofile