Exponenta Banner
exponenta event banner

multialignwrite

Запишите нескольким выравнивание в файл

Синтаксис

multialignwrite(File, Alignment)
multialignwrite(..., 'Format', FormatValue, ...)
multialignwrite(..., 'Header', HeaderValue, ...)
multialignwrite(..., 'WriteCount', WriteCountValue, ...)

Описание

multialignwrite(File, Alignment) записывает содержимое выравнивания к ClustalW ALN-отформатированный или MSF-отформатированный файл (по умолчанию).

multialignwrite(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает multialignwrite с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Заключите каждый PropertyName в одинарные кавычки. Каждый PropertyName является нечувствительным к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

multialignwrite(..., 'Format', FormatValue, ...) задает формат файла. FormatValue может быть 'ALN' (значение по умолчанию) или 'MSF'.

multialignwrite(..., 'Header', HeaderValue, ...) задает первую строку файла. Значением по умолчанию для HeaderValue является 'MATLAB multiple sequence alignment'.

multialignwrite(..., 'WriteCount', WriteCountValue, ...) задает, добавить ли количества остатка в конец каждой строки. WriteCountValue может быть true (значение по умолчанию) или false.

Входные параметры

Alignment

Выравнивание, такой, как возвращено функцией multialign, представленной вектором структур, каждый содержащий поля Header и Sequence.

File

Вектор символов или строка, задающая или имя файла или путь и имя файла для того, чтобы сохранить данные. Если вы задаете только имя файла, файл сохранен в Браузер текущей папки MATLAB®.

Совет

Если вы используете расширение .msf при предоставлении имени файла для File, данные записаны в MSF-отформатированный файл. В противном случае данные записаны в ClustalW ALN-отформатированный файл.

Ниже столбцов ClustalW ALN-отформатированный файл символы могут появиться, которые обозначают:

  • * — Остатки или нуклеотиды в столбце идентичны во всех последовательностях в выравнивании.

  • : — Сохраненные замены существуют в столбце для всех последовательностей в выравнивании.

  • . — Полусохраненные замены существуют в столбце для всех последовательностей в выравнивании.

Для получения дополнительной информации об этих символах и группах остатков, рассмотренных сохраненными и полусохраненными, смотрите раздел 12 в “Изменениях начиная с версии 1.6” в http://web.mit.edu/seven/src/clustalw-1.82/README.

FormatValue

Вектор символов или строка, которая задает формат File. Выбором является 'ALN' (значение по умолчанию) или 'MSF'.

Совет

Можно также записать в MSF-отформатированный файл при помощи расширения .msf при предоставлении имени файла для File.

HeaderValue

Вектор символов или строка, которая задает первую строку файла.

Совет

Используйте свойство 'Header', если ваш заголовок файла должен быть определенным форматом для стороннего программного обеспечения.

Значение по умолчанию: 'MATLAB multiple sequence alignment'

WriteCountValue

Задает, добавить ли количества остатка в конец каждой строки. Выбором является true (значение по умолчанию) или false.

Примеры

  1. Используйте функцию fastaread, чтобы считать p53samples.txt, FASTA-отформатированный файл, включенный с программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™, которое содержит семь сотовых антигенов опухоли p53 последовательности.

    p53 = fastaread('p53samples.txt')

p53 = 

7x1 struct array with fields:
    Header
    Sequence

  2. Используйте функцию multialign, чтобы выровнять семь сотовых антигенов опухоли p53 последовательности.

    ma = multialign(p53,'verbose',true);

  3. Запишите выравнивание в файл с именем p53.aln.

    multialignwrite('p53.aln',ma)

Смотрите также

| | | | | | | | |

Представленный в R2008b

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка