phytreewrite
Запишите филогенетический древовидный объект в Newick-отформатированный файл
Синтаксис
phytreewrite(File, Tree)
phytreewrite(Tree)
phytreewrite(..., 'Distances', DistancesValue,
...)
phytreewrite(..., 'BranchNames', BranchNamesValue,
...)
Аргументы
File | Вектор символов или строка, задающая Newick-отформатированный файл (текстовый ASCII-файл) имя, путь и имя файла или URL, указывающий на файл. |
Tree | Филогенетический древовидный объект, любой созданный с phytree (функция конструктора Object) или импортированное использование функции phytreeread. |
Описание
phytreewrite( копирует содержимое объекта File, Tree)phytree от рабочей области MATLAB® до файла. Данные в файле используют формат Newick для описания деревьев.
phytreewrite( открывает диалоговое окно Save Phylogenetic Tree As для вас, чтобы ввести или выбрать имя файла.Tree)
phytreewrite(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) phytreewrite с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Заключите каждый PropertyName в одинарные кавычки. Каждый PropertyName является нечувствительным к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
phytreewrite(..., 'Distances', задает, исключить ли расстояния от вывода. DistancesValue,
...)DistancesValue может быть true (значение по умолчанию) или false.
phytreewrite(..., 'BranchNames', задает, исключить ли имена ответвления из вывода. BranchNamesValue,
...)BranchNamesValue может быть true (значение по умолчанию) или false.
Примеры
Считайте древовидные данные из Newick-отформатированного файла.
tr = phytreeread('pf00002.tree')
Phylogenetic tree object with 33 leaves (32 branches)Удалите все белки мыши и просмотрите сокращенное дерево.
ind = getbyname(tr,'mouse'); tr = prune(tr,ind); view(tr)
Запишите сокращенные древовидные данные в файл.
phytreewrite('newtree.tree',tr)Смотрите также
multialignwrite | phytree | phytree object | phytreeread | phytreeviewer | seqlinkage