fastawrite

Запишите в файл с помощью формата FASTA

Синтаксис

fastawrite(File, Data) fastawrite(File, Header, Sequence)

Аргументы

`File`	Вектор символов или строка, задающая или имя файла или путь и имя файла для сохранения FASTA-отформатированных-данных. Если вы задаете только имя файла, `fastawrite` сохранил файл к MATLAB^® Current Folder. Если вы задаете существующий файл, `fastawrite` добавляет данные к файлу, вместо того, чтобы перезаписать файл.
`Data`	Любое следующее: Вектор символов или строка, содержащая последовательность Структура MATLAB, содержащая поля `Header` и `Sequence` Структура MATLAB, содержащая информацию о последовательности от GenBank^® или базы данных GenPept, такой, как возвращено `genbankread`, `getgenbank`, `genpeptread` или `getgenpept`. Символьный массив, где каждая строка является последовательностью.
`Header`	Вектор символов или информация о заголовке строки, содержащей о последовательности. Этот текст появляется в заголовке FASTA-отформатированного файла, `File`.
`Sequence`	Вектор символов или строка, содержащая аминокислота или последовательность нуклеотида с помощью стандартной буквы IUB/IUPAC или целочисленных кодов. Для списка допустимых символов смотрите Поиск Поиска или Нуклеотида Аминокислоты.

Описание

fastawrite(File, Data) пишет содержимое Data к File, FASTA-отформатированному файлу. Если вы задаете существующий FASTA-отформатированный файл, fastawrite добавляет данные к файлу, вместо того, чтобы перезаписать файл. Для спецификаций FASTA-формата посетите https://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/fasta.shtml.

fastawrite(File, Header, Sequence) пишет заданная информация о заголовке и последовательности в File, FASTA-отформатированный файл.

Совет

Чтобы добавить FASTA-отформатированные-данные к существующему файлу, просто задайте то имя файла. fastawrite добавляет данные в конец файла.

Если вы используете fastawrite в скрипте, можно отключить добавлять предупреждающее сообщение путем ввода следующих командных строк перед командой fastawrite:

warnState = warning %Save the current warning state
warning('off','Bioinfo:fastawrite:AppendToFile');

Затем введите следующую командную строку после команды fastawrite:

warning(warnState) %Reset warning state to previous settings

Примеры

Пример 13. Запись области кодирования к FASTA-отформатированному файлу

Получите последовательность для человеческого p53 гена от базы данных GenBank.
```
seq = getgenbank('NM_000546');
```
Считайте координаты области кодирования в строке CDS.
```
start = seq.CDS.indices(1)

start =

   198

stop = seq.CDS.indices(2)

stop =

   1379
```
Извлеките область кодирования.
```
codingSeq = seq.Sequence(start:stop);
```
Запишите область кодирования в FASTA-отформатированный файл, задав Coding region for p53 для Заголовка в файле и p53coding.txt для имени файла.
```
fastawrite('p53coding.txt','Coding region for p53',codingSeq);
```

Пример 14. Сохранение нескольких последовательностей к FASTA-отформатированному файлу

Запишите две последовательности нуклеотида в структуру MATLAB, содержащую поля Header и Sequence.
```
data(1).Sequence = 'ACACAGGAAA';
data(1).Header = 'First sequence';
data(2).Sequence = 'ACGTCAGGTC';
data(2).Header = 'Second sequence';
```
Запишите последовательности в FASTA-отформатированный файл, задав my_sequences.txt для имени файла.
```
fastawrite('my_sequences.txt', data)
```
Отобразите FASTA-отформатированный файл, my_sequences.txt.
```
type('my_sequences.txt')

>First sequence
ACACAGGAAA

>Second sequence
ACGTCAGGTC
```

Пример 15. Добавление последовательностей к FASTA-отформатированному файлу

Если вы уже не сделали так, создайте FASTA-отформатированный файл, my_sequences.txt, описанный ранее.
Добавьте третью последовательность к файлу.
```
fastawrite('my_sequences.txt','Third sequence','TACTGACTTC')
```

Отобразите FASTA-отформатированный файл, my_sequences.txt.

type('my_sequences.txt')

>First sequence
ACACAGGAAA

>Second sequence
ACGTCAGGTC

>Third sequence
TACTGACTTC

Документация

fastawrite

Синтаксис

Аргументы

Описание

Совет

Примеры

Смотрите также

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка