pdbdistplot

Визуализируйте межмолекулярные расстояния в файле Банка данных белка (PDB)

Синтаксис

pdbdistplot(PDBid) pdbdistplot(PDBid, Distance) pdbdistplot(___,'Chain',ChainID) pdbdistplot(___,'Model',ModelNum) pdbdistplot(___,'Hetero',TF)

Аргументы

`PDBid`	Любое следующее: Вектор символов или строка, задающая уникальный идентификатор для записи структуры белка. Имя переменной для структуры MATLAB^®, содержащей информацию о PDB для молекулярной структуры, такой, как возвращено `getpdb` или `pdbread`. Имя файла, содержащего информацию о PDB для молекулярной структуры, такой, как создано `getpdb` со свойством `'ToFile'`. Примечание Каждая структура в базе данных PDB представлена алфавитно-цифровым идентификатором с четырьмя символами. Например, `4hhb` является идентификационным кодом для гемоглобина.
`Distance`	Пороговое расстояние в ангстремах, показанных на графике шпиона. Значением по умолчанию является `7`.
`ChainID`	Любое следующее: Вектор символов или строка, задающая цепочечный ID, чтобы рассмотреть. Массивы ячеек из символьных векторов или вектор строки определение списка цепочечных идентификаторов, чтобы рассмотреть. `ChainID` является чувствительным к регистру. По умолчанию все цепочки, включенные в модель, рассматриваются.
`ModelNum`	Положительное целое число, задающее, который модель рассмотреть. Значение по умолчанию равняется 1.

Описание

pdbdistplot отображает расстояния между атомами и между остатками в структуре PDB.

pdbdistplot(PDBid) получает структуру, заданную PDBid от базы данных PDB, и создает карту тепла, показывающую расстояния межостатка и график шпиона, показывающий остатки, где минимальные расстояния независимо являются меньше, чем ангстремы 7. Если кратные цепи присутствуют в PDBid, отдельные графики создаются.

pdbdistplot(PDBid, Distance) задает пороговое расстояние, показанное на графике шпиона. Значением по умолчанию является 7.

pdbdistplot(___,'Chain',ChainID) задает цепочки, чтобы рассмотреть. По умолчанию все цепочки, включенные в модель, рассматриваются.

pdbdistplot(___,'Model',ModelNum) задает который структурная модель PDB рассмотреть. Значение по умолчанию равняется 1.

pdbdistplot(___,'Hetero',TF) задает, включать ли атомы гетеросексуала в график взаимодействий остатка. TF является логическим, true или false. Значением по умолчанию является false.