Вычислите попарные принадлежащие отцам церкви расстояния в объекте phytree
D = pdist(Tree)
[D, C]
= pdist(Tree)
pdist(..., 'Nodes', NodesValue,
...)
pdist(..., 'Squareform', SquareformValue,
...)
pdist(..., 'Criteria', CriteriaValue,
...)
Tree | объект phytree создается функцией |
NodesValue | Вектор символов или строка, задающая узлы, включены в вычисление. Выбором является 'leaves' (значение по умолчанию) или 'all'. |
SquareformValue | Управляет созданием квадратной матрицы. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
CriteriaValue | Вектор символов или строка, задающая критерии раньше, связывали пары. Выбором является 'distance' (значение по умолчанию) или 'levels'. |
D = pdist(Tree)D, вектор, содержащий принадлежащие отцам церкви расстояния между каждой возможной парой вершин Tree, филогенетического древовидного объекта. Принадлежащие отцам церкви расстояния вычисляются следующими путями посредством ответвлений дерева и добавления принадлежащих отцам церкви расстояний ответвления, первоначально созданных с функцией seqlinkage.
Выходной вектор D располагается в порядке ((2,1), (3,1), ..., (M,1), (3,2), ..., (M,2), ..., (M,M-1)) (нижний левый треугольник полного M-by-M матрица расстояния). Чтобы получить расстояние между I th и J th узлы (I > J), используйте формулу D((J-1)*(M-J/2)+I-J). M является количеством листов.
[ возвращается в D, C]
= pdist(Tree)C, индексе самых близких общих родительских узлов для каждой возможной пары узлов запроса.
pdist(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) pdist с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
pdist(..., 'Nodes', задает узлы, включенные в вычисление. Выбором является NodesValue,
...)'leaves' (значение по умолчанию) или 'all'. Когда NodesValue является 'leaves', вывод упорядочен как прежде, но M является общим количеством узлов в дереве (NumLeaves+NumBranches).
pdist(..., 'Squareform', управляет созданием квадратной матрицы. Выбором является SquareformValue,
...)true или false (значение по умолчанию). Когда SquareformValue является true, pdist преобразовывает вывод в отформатированную квадратом матрицу, так, чтобы D(I,J) обозначил расстояние между I th и J th узлы. Выходная матрица симметрична и имеет нулевую диагональ.
pdist(..., 'Criteria', изменяется критерии раньше связывали пары. CriteriaValue,
...)CriteriaValue может быть 'distance' (значение по умолчанию) или 'levels'.
Считайте филогенетический древовидный файл в объект phytree.
tr = phytreeread('pf00002.tree')Вычислите древовидные расстояния между парами листов.
dist = pdist(tr,'nodes','leaves','squareform',true)