Структура данных, содержащая филогенетическое дерево
Объект phytree является структурой данных, содержащей филогенетическое дерево. Филогенетические деревья являются базированными деревьями двоичного файла, что означает, что каждое ответвление является родительским элементом двух других ответвлений, двух листов, или одного ответвления и одного листа. Объект phytree может быть ультраметрикой или nonultrametric.
Следующее является методами объекта phytree:
| кластер (phytree) | Подтвердите кластеры в филогенетическом дереве |
| доберитесь (phytree) | Получите информацию о филогенетическом древовидном объекте |
| getbyname (phytree) | Ответвления и листы от объекта phytree |
| getcanonical (phytree) | Вычислите каноническую форму филогенетического дерева |
| getmatrix (phytree) | Преобразуйте объект phytree в матрицу отношения |
| getnewickstr (phytree) | Создайте Newick-отформатированный вектор символов |
| pdist (phytree) | Вычислите попарные принадлежащие отцам церкви расстояния в объекте phytree |
| постройте (phytree) | Чертите филогенетическое дерево |
| сократите (phytree) | Удалите узлы ответвления из филогенетического дерева |
| переупорядочьте (phytree) | Переупорядочьте листы филогенетического дерева |
| перекорень (phytree) | Измените корень филогенетического дерева |
| выберите (phytree) | Выберите древовидные ответвления и листы в объекте phytree |
| поддерево (phytree) | Извлеките филогенетическое поддерево |
| просмотрите (phytree) | Просмотрите филогенетическое дерево |
| веса (phytree) | Вычислите веса для филогенетического дерева |
Вы не можете изменить эти свойства непосредственно. Можно получить доступ к этим свойствам с помощью метода get.
| Свойство | Описание |
|---|---|
NumLeaves | Количество листов |
NumBranches | Количество ответвлений |
NumNodes | Количество узлов (NumLeaves + NumBranches) |
Pointers | Перейдите к списку возможностей соединения листа/ответвления |
Distances | Длина ребра для каждого листа/ответвления |
LeafNames | Имена листов |
BranchNames | Имена ответвлений |
NodeNames | Имена всех узлов |
cluster | get | getbyname | getcanonical | getmatrix | getnewickstr | pdist | phytree | phytreeread | phytreeviewer | phytreewrite | plot | prune | reroot | select | seqlinkage | seqneighjoin | seqpdist | subtree | view | weights