zonebackadj
Выполните фоновую корректировку на данных тестового уровня Affymetrix микромассивов с помощью зонального метода
Синтаксис
BackAdjustedData = zonebackadj(Data)
[BackAdjustedData, ZoneStruct]
= zonebackadj(Data)
[BackAdjustedData, ZoneStruct, Background]
= zonebackadj(Data)
... = zonebackadj(Data,
...'NumZones', NumZonesValue, ...)
... = zonebackadj(Data,
...'Percent', PercentValue, ...)
... = zonebackadj(Data,
...'SmoothFactor', SmoothFactorValue, ...)
... = zonebackadj(Data,
...'NoiseFrac', NoiseFracValue, ...)
... = zonebackadj(Data,
...'CDF', CDFValue, ...)
... = zonebackadj(Data,
...'Mask', MaskValue, ...)
... = zonebackadj(Data,
...'Showplot', ShowplotValue, ...)
Входные параметры
Data | Любое из следующего:
|
NumZonesValue | Скалярный или двухэлементный вектор, который задает количество зон, чтобы использовать в фоновом режиме корректировку. Если скаляр, это должно быть квадратное число. Если двухэлементный вектор, первый элемент задает количество строк, и второй элемент задает количество столбцов в неквадратной сетке. Значением по умолчанию является 16. |
PercentValue | Значение, которое задает процент, P, такой, что самый низкий процент P оцениваемых значений интенсивности от каждой зоны используется, чтобы оценить фон для той зоны. Значением по умолчанию является 2. |
SmoothFactorValue | Значение, которое задает фактор сглаживания, используемый в вычислении взвешенного среднего вкладов каждой зоны к фону точки. Значением по умолчанию является 100. |
NoiseFracValue | Значение, которое задает шумовую часть, NF, такой, что настроенное фоном значение дано max((Intensity - WeightedBackground), NF*LocalNoiseEstimate). Значением по умолчанию является 0.5. |
CDFValue | Любое из следующего:
|
MaskValue | Логический вектор, который задает, который в фоновом режиме оценивают ячейки к маске и не использованию. В векторе, 0 = not masked и 1 = masked. Значениями по умолчанию являются значения в столбце Masked поля Probes файла CEL. |
ShowplotValue | Управляет графическим выводом изображения фоновых оценок. Выбором является |
Выходные аргументы
BackAdjustedData | Матричный или массив ячеек векторов, содержащих настроенные фоном тестовые значения интенсивности. |
ZoneStruct | Структура MATLAB, содержащая центры зон раньше, выполняла фоновую корректировку и оценки фоновых значений в центре каждой зоны. |
Background | Матричный или массив ячеек векторов, содержащих предполагаемые фоновые значения для каждого зонда. |
Описание
BackAdjustedData = zonebackadj(Data)Data, который содержит тестовую интенсивность из файлов Affymetrix CEL. Детали фоновой корректировки описаны в Статистическом Документе Описания Алгоритмов.
[ также возвращается, структура, содержащая центры зон раньше, выполняла фоновую корректировку и оценки фоновых значений в центре каждой зоны. BackAdjustedData, ZoneStruct]
= zonebackadj(Data)
[ также возвращает матричный или массив ячеек векторов, содержащих предполагаемые фоновые значения для каждого зонда. BackAdjustedData, ZoneStruct, Background]
= zonebackadj(Data)
... = zonebackadj(Data, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) zonebackadj с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
... = zonebackadj( задает количество зон, чтобы использовать в фоновом режиме корректировку. Data,
...'NumZones', NumZonesValue, ...)NumZonesValue может быть или скаляром, который является квадратным числом или двухэлементным массивом, в котором первый элемент задает количество строк, и второй элемент задает количество столбцов в неквадратной сетке. Значением по умолчанию является 16.
... = zonebackadj( задает процент, Data,
...'Percent', PercentValue, ...)P, такой, что самый низкий процент P оцениваемых значений интенсивности от каждой зоны используется, чтобы оценить фон для той зоны. Значением по умолчанию является 2.
... = zonebackadj( задает фактор сглаживания, используемый в вычислении взвешенного среднего вкладов каждой зоны к фону точки, таким образом обеспечивая плавный переход между зонами. Значением по умолчанию является Data,
...'SmoothFactor', SmoothFactorValue, ...)100.
... = zonebackadj( задает шумовую часть, такую, что настроенное фоном значение дано Data,
...'NoiseFrac', NoiseFracValue, ...)max((Intensity - WeightedBackground), NF*LocalNoiseEstimate), где NF является NoiseFracValue. Значением по умолчанию является 0.5.
... = zonebackadj( задает файл библиотеки Affymetrix CDF или структуру, которая задает ячейки управления, которые не используются в фоновом режиме оценки.Data,
...'CDF', CDFValue, ...)
... = zonebackadj( указывает, что логический вектор этого задает, какие ячейки к маске и не использованию в фоновом режиме оценивает. В векторе, Data,
...'Mask', MaskValue, ...)0 = not masked и 1 = masked. Значениями по умолчанию являются значения в столбце Masked поля Probes файла CEL.
... = zonebackadj( строит изображение фоновых оценок. Выбором является Data,
...'Showplot', ShowplotValue, ...)true или false (значение по умолчанию).
Примеры
Ссылки
[1] Статистический документ описания алгоритмов, https://www.affymetrix.com/support/technical/whitepapers/ sadd_whitepaper.pdf
Смотрите также
affyinvarsetnorm | affyread | celintensityread | gcrma | gcrmabackadj | probelibraryinfo | probesetlink | probesetlookup | probesetvalues | quantilenorm | rmabackadj | rmasummary