Выберите древовидные ответвления и листы в объекте phytree
S = select(Tree, N)
[S, Selleaves, Selbranches]
= select(...)
select(..., 'Reference', ReferenceValue,
...)
select(..., 'Criteria', CriteriaValue,
...)
select(..., 'Threshold', ThresholdValue,
...)
select(..., 'Exclude', ExcludeValue,
...)
select(..., 'Propagate', PropagateValue,
...)
Tree | Филогенетическое дерево (объект |
N | Количество самых близких узлов к корневому узлу. |
ReferenceValue | Свойство выбрать контрольную точку для измерения расстояния. |
CriteriaValue | Свойство выбрать критерии измерения расстояния. |
ThresholdValue | Свойство выбрать значение расстояния. Узлы с расстояниями ниже этого значения выбраны. |
ExcludeValue | Свойство удалить (исключает) ответвление или вершины от вывода. Введите 'none', 'branches' или 'leaves'. Значением по умолчанию является 'none'. |
PropagateValue | Свойство выбрать узлы распространения к листам или корню. |
S | Логический вектор для всех выбранных узлов. |
Selleaves | Логический вектор для выбранных листов. |
Selbranches | Логический вектор для выбранных ответвлений. |
S = select(Tree, N)S) размера [NumNodes x 1], указывающий на N самые близкие узлы к корневому узлу объекта phytree (Tree) где NumNodes = NumLeaves + NumBranches. Первый используемый критерий является уровнями ответвления, затем принадлежащее отцам церкви расстояние (также известный как древовидное расстояние). По умолчанию select использует Inf в качестве значения N, и select(Tree)true.
[ возвращает два дополнительных логических вектора, один для выбранных листов и один для выбранных ответвлений.S, Selleaves, Selbranches]
= select(...)
select(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Эти пары "имя-значение" следующие:
select(..., 'Reference', изменяет контрольную точку (точки), чтобы измерить близость. ReferenceValue,
...)ReferenceValue может быть 'root' (значение по умолчанию) или 'leaves' или индекс, который указывает на любой узел дерева. При использовании 'leaves' узел может иметь несколько расстояний до своих порожденных листов (nonultrametric дерево). Если так, select рассматривает минимальное расстояние до любого порожденного листа.
select(..., 'Criteria', изменяется критерии раньше измеряли близость. Если CriteriaValue,
...)CriteriaValue = 'levels'CriteriaValue = 'distance'
select(..., 'Threshold', выбирает все узлы, где близость меньше чем или равна пороговому значению ThresholdValue,
...)(ThresholdValue)'Criteria' или 'Reference' в сочетании с этой парой "имя-значение". Если N не задан, то N = Inf. В противном случае можно ограничить количество выбранных узлов N.
select(..., 'Exclude', устанавливает постфильтр, который исключает все узлы ответвления из ExcludeValue,
...)S, когда ExcludeValue = 'branches'ExcludeValue = 'leaves''none'.
select(..., 'Propagate', активирует постфункциональность, которая распространяет выбранные узлы к листам, когда PropagateValue,
...)PropagateValue установлен в 'toleaves' или к корню, находящему общего предка, когда PropagateValue установлен в 'toroot'. Значением по умолчанию является 'none'. PropagateValue может также be 'both'. Действия свойства 'Propagate' после пары "имя-значение" 'Exclude'.
% Load a phylogenetic tree created from a protein family:
tr = phytreeread('pf00002.tree');
% To find close products for a given protein (e.g. vipr2_human):
ind = getbyname(tr,'vipr2_human');
[sel,sel_leaves] = select(tr,'criteria','distance',...
'threshold',0.6,'reference',ind);
view(tr,sel_leaves)
% To find potential outliers in the tree, use
[sel,sel_leaves] = select(tr,'criteria','distance',...
'threshold',.3,...
'reference','leaves',...
'exclude','leaves',...
'propagate','toleaves');
view(tr,~sel_leaves)