sffinfo

Возвратите информацию о файле SFF

Синтаксис

InfoStruct = sffinfo(File)

Описание

InfoStruct = sffinfo(File) возвращает структуру MATLAB®, содержащую итоговую информацию о файле Стандартного формата Flowgram (SFF).

Входные параметры

File

Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла файла SFF, производятся версией 1.0 Системного программного обеспечения анализа данных Секвенсера Генома от 454 Life Sciences®. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB или в текущей папке.

Выходные аргументы

InfoStruct

Структура MATLAB, содержащая итоговую информацию о файле SFF. Структура содержит следующие поля.

Поле Описание
FilenameИмя файла.
FileModDateДата модификации файла.
FileSizeРазмер файла в байтах.
Version Номер версии файла.
FlowgramCode Код формата раньше кодировал flowgram значения.
NumberOfReads Количество последовательности читает в файле.
NumberOfFlowsPerRead Количество потоков для каждого чтения.
FlowCharsОсновы используются в каждом потоке.
KeySequence Вектор символов основ в сочетании клавиш.

Примеры

Файлу SFF, SRR013472.sff, используемому в этом примере, не предоставляют программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™. Можно загрузить демонстрационные файлы SFF с:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=main&m=main&s=main

Возвратите сводные данные содержимого файла SFF:

info = sffinfo('SRR013472.sff')

info = 

                Filename: 'SRR013472.sff'
             FileModDate: '23-Feb-2009 15:14:36'
                FileSize: 6632392
                 Version: [0 0 0 1]
            FlowgramCode: 1
           NumberOfReads: 3546
    NumberOfFlowsPerRead: 440
               FlowChars: [1x440 char]
             KeySequence: 'TCAG'

Смотрите также

| | | | | | | |

Темы

Внешние веб-сайты

Представленный в R2009b

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте