Считайте данные из файла SFF
SFFStruct
= sffread(File
)
sffread(..., 'Blockread', BlockreadValue
,
...)
sffread(..., 'Feature', FeatureValue
,
...)
читает файл Стандартного формата Flowgram (SFF) и возвращает данные в массиве MATLAB® структур.SFFStruct
= sffread(File
)
вызывает sffread(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...)
sffread
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Заключите каждый PropertyName
в одинарные кавычки. Каждый PropertyName
является нечувствительным к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
sffread(..., 'Blockread',
читает одну запись последовательности или блок записей последовательности из файла SFF, содержащего несколько последовательностей. BlockreadValue
,
...)
sffread(..., 'Feature',
указывает информацию, чтобы включать в структуру возврата.FeatureValue
,
...)
|
Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла файла SFF, производятся версией 1.0 Системного программного обеспечения анализа данных Секвенсера Генома от 454 Life Sciences®. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB или в текущей папке. |
|
Скаляр или вектор, который управляет чтением одной записи последовательности или блоком записей последовательности из файла SFF, содержащего несколько последовательностей. Введите скалярный |
|
Вектор символов или строка, указывающая информацию, чтобы включать в выходную структуру. Вектор символов или строка включают буквы от алфавита Значение по умолчанию: |
|
Массив структур, содержащих информацию из файла SFF. Существует одна структура для каждого чтения или записи в файле. Каждая структура содержит один или несколько следующих полей.
|
Файлу SFF, SRR013472.sff
, используемому в этих примерах, не предоставляют программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™. Можно загрузить демонстрационные файлы SFF с:
Считайте целый файл SFF:
% Read the contents of an entire SFF file into an % array of structures reads = sffread('SRR013472.sff') reads = 3546x1 struct array with fields: Header Sequence Quality
Считайте блок записей из файла SFF:
% Read only the header and sequence information of the % first five reads from an SFF file into an array of structures reads5 = sffread('SRR013472.sff', 'block', [1 5], 'feature', 'hs') reads5 = 5x1 struct array with fields: Header Sequence
fastainfo
| fastaread
| fastawrite
| fastqinfo
| fastqread
| fastqwrite
| saminfo
| samread
| sffinfo