Запишите в файл с помощью формата FASTQ
fastqwrite(File, FASTQStruct)
fastqwrite(File, Header, Sequence, Qual)
fastqwrite( пишут содержимое структуры MATLAB® или массив структур к FASTQ-отформатированному файлу. Если вы задаете существующий FASTQ-отформатированный файл, File, FASTQStruct)fastqwrite добавляет данные к файлу, вместо того, чтобы перезаписать файл.
fastqwrite( заголовок записей, последовательность и информация о качестве к FASTQ-отформатированному файлу.File, Header, Sequence, Qual)
Чтобы добавить FASTQ-отформатированные-данные к существующему файлу, просто задайте то имя файла. fastqwrite добавляет данные в конец файла.
Если вы используете fastqwrite в скрипте, можно отключить добавлять предупреждающее сообщение путем ввода следующих командных строк перед командой fastqwrite:
warnState = warning %Save the current warning state
warning('off','Bioinfo:fastqwrite:AppendToFile'); fastqwrite:warning(warnState) %Reset warning state to previous settings
|
Вектор символов или строка, задающая или имя файла или путь и имя файла для сохранения FASTQ-отформатированных-данных. Если вы задаете только имя файла, |
|
Структура MATLAB или массив структур, содержащих поля |
|
Вектор символов или информация о заголовке строки, содержащей о последовательности нуклеотида. Этот текст появляется в заголовке FASTQ-отформатированного файла, |
|
Вектор символов или строка, содержащая последовательность нуклеотида с помощью стандартной буквы IUB/IUPAC или целочисленных кодов. Для списка допустимых символов смотрите Поиск Поиска или Нуклеотида Аминокислоты. |
|
Вектор символов или представление ASCII строки, содержащей качественной музыки на основу к последовательности нуклеотида. |
Запишите несколько последовательностей в файл FASTQ от массива структур:
% Read the contents of a FASTQ-formatted file into
% an array of structures
reads = fastqread('SRR005164_1_50.fastq');
% Create another array of structures for the first five reads
reads5 = reads(1:5);
% Write the first five reads to a separate FASTQ-formatted file
fastqwrite('fiveReads.fastq', reads5)Запишите одну последовательность в файл FASTQ от отдельных переменных:
% Create separate variables for the header, sequence, and
% quality information of a nucleotide sequence
h = 'MYSEQ-000_1_1_1_953_493';
s = 'GTTACCATGATGTTATTTCTTCATTTGGAGGTAAAA';
q = ']]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]T]]]]RJRZTQLOA';
% Write the information to a FASTQ-formatted file
fastqwrite('oneRead.fastq', h, s, q)BioRead | fastainfo | fastaread | fastawrite | fastqinfo | fastqread | saminfo | samread | sffinfo | sffread