showalignment

Отобразите выравнивание последовательности, на которое наносят цветную маркировку,

Синтаксис

showalignment(Alignment)
showalignment(..., 'MatchColor', MatchColorValue, ...)
showalignment(..., 'SimilarColor' SimilarColorValue, ...)
showalignment(..., 'StartPointers', StartPointersValue, ...)
showalignment(..., 'Columns', ColumnsValue, ...)
showalignment(..., 'TerminalGap', TerminalGapValue, ...)

Описание

showalignment(Alignment) отображает выравнивание последовательности, на которое наносят цветную маркировку, в Окне рисунка MATLAB®.

showalignment(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает showalignment с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Заключите каждый PropertyName в одинарные кавычки. Каждый PropertyName является нечувствительным к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

showalignment(..., 'MatchColor', MatchColorValue, ...) задает цвет, чтобы подсветить соответствие с символами в выходном отображении.

showalignment(..., 'SimilarColor' SimilarColorValue, ...) задает цвет, чтобы подсветить похожие символы в выходном отображении.

showalignment(..., 'StartPointers', StartPointersValue, ...) задает начальные значения индекса в исходных последовательностях локального попарного выравнивания.

showalignment(..., 'Columns', ColumnsValue, ...) задает количество символов, чтобы отобразиться в одной строке при отображении попарного выравнивания и маркирует запуск каждой строки с положениями последовательности.

showalignment(..., 'TerminalGap', TerminalGapValue, ...) управляет включением или исключением терминальных разрывов от количества соответствий и подобных остатков при отображении попарного выравнивания. TerminalGapValue может быть true (значение по умолчанию) или false.

Входные параметры

Alignment

Попарно или несколько упорядочивают выравнивание, заданное одним из следующего:

  • 3 N символьным массивом, показывающим попарное выравнивание двух последовательностей, такой, как возвращено nwalign или swalign

  • Структура MATLAB, содержащая поле Sequence, такой, как возвращено fastaread, gethmmalignment, multialign или multialignread

  • Символьный массив или вектор строки, который содержит выравнивание последовательности кратного, такой, как возвращено multialign

MatchColorValue

Цвет, чтобы подсветить соответствие с символами в выходном отображении. Задайте цвет с одним из следующего:

  • Трехэлементный числовой вектор значений RGB

  • Вектор символов или строка, содержащая предопределенный однобуквенный цветовой код

  • Вектор символов или строка, содержащая предопределенное название цвета

Например, чтобы использовать голубой, введите [0 1 1], 'c' или 'cyan'. Для получения дополнительной информации об определении цветов смотрите Параметры цвета.

Значение по умолчанию: Красный, который задан [1 0 0], 'r' или 'red'

SimilarColorValue

Цвет, чтобы подсветить похожие символы в выходном отображении. Задайте цвет с одним из следующего:

  • Трехэлементный числовой вектор значений RGB

  • Вектор символов или строка, содержащая предопределенный однобуквенный цветовой код

  • Вектор символов или строка, содержащая предопределенное название цвета

Например, чтобы использовать голубой, введите [0 1 1], 'c' или 'cyan'. Для получения дополнительной информации об определении цветов смотрите Параметры цвета.

Значение по умолчанию: Пурпурный, который задан [1 0 1], 'm' или 'magenta'

StartPointersValue

Двухэлементный вектор, который задает начальные значения индекса в исходных последовательностях локального попарного выравнивания.

Совет

Можно использовать третий выходной параметр, возвращенный swalign как StartPointersValue.

ColumnsValue

Скаляр, который задает количество символов, чтобы отобразиться в одной строке при отображении попарного выравнивания.

Значение по умолчанию: 64

TerminalGapValue

Задает, включать ли или исключить терминальные разрывы из количества соответствий и подобных остатков при отображении попарного выравнивания. Выбором является true (значение по умолчанию) или false.

Примеры

Отобразите попарное выравнивание последовательности:

% Globally align two amino acid sequences
[Score, Alignment] = nwalign('VSPAGMASGYD','IPGKASYD');
% Display the color-coded alignment
showalignment(Alignment);

Заметьте, что для попарных выравниваний последовательности, соответствие и похожие символы появляются в красном и пурпурном цвете соответственно..

Отобразите выравнивание последовательности кратного

% Read a multiple-sequence alignment file
gag = multialignread('aagag.aln');
% Display the color-coded alignment
showalignment(gag)

Заметьте, что для нескольких выравниваний последовательности, высоко сохраненные положения появляются в красных и сохраненных положениях, появляются в пурпурном.

Совет

Чтобы просмотреть выравнивание нескольких-последовательностей и взаимодействовать с ним, используйте функцию seqalignviewer.

Больше о

свернуть все

Параметры цвета

Следующие списки предопределенные цвета и их эквиваленты триплета RGB. Краткие названия и длинные имена являются векторами символов, которые задают один из восьми предварительно установленных цветов. Триплет RGB является трехэлементным вектором - строкой, элементы которого задают интенсивность красных, зеленых, и синих компонентов цвета; интенсивность должна быть в области значений [0 1].

Триплет RGB

Краткое название

Длинное имя

[1 1 0]

y

yellow

[1 0 1]

m

magenta

[0 1 1]

c

cyan

[1 0 0]

r

red

[0 1 0]

g

green

[0 0 1]

b

blue

[1 1 1]

w

white

[0 0 0]

k

black

Альтернативы

Можно также отобразить кратное или попарное выравнивание последовательности с помощью функции seqalignviewer. Выравнивание отображается в окне Biological Sequence Alignment, где можно просмотреть и в интерактивном режиме настроить выравнивание последовательности.

Представлено до R2006a