поддерево (phytree)
Извлеките филогенетическое поддерево
Синтаксис
Tree2 = subtree(Tree1, Nodes)
Описание
Tree2 = subtree(Tree1, Nodes)Tree2), где новый корень является первым общим предком вектора Nodes от Tree1. Узлы в дереве индексируются как [1:NUMLEAVES] для листов и как [NUMLEAVES+1:NUMLEAVES+NUMBRANCHES] для ответвлений. Узлы могут также быть логическим массивом следующих размеров [NUMLEAVES+NUMBRANCHES x 1], [NUMLEAVES x 1] или [NUMBRANCHES x 1].
Примеры
Загрузите филогенетическое дерево, созданное из семейства белков.
tr = phytreeread('pf00002.tree');Получите поддерево, которое содержит VIPR2 и человеческие белки GLR.
sel = getbyname(tr,{'vipr2_human','glr_human'}); sel = any(sel,2); tr = subtree(tr,sel); view(tr)