Опции для отсеков
Объект отсека SimBiology® представляет контейнер для разновидностей в модели. Размер отсека может отличаться или остаться постоянным во время симуляции. Все модели должны иметь по крайней мере один отсек, и все разновидности в модели должны быть присвоены отсеку. Имена отсека должны быть уникальными в модели.
Отсеки позволяют вам задавать размер (Capacity) физически изолированных областей, которые могут влиять на симуляцию, и сопоставлять пулы разновидностей в тех областях. Можно задать или изменить правила использующего Capacity, события и варианты, подобные суммам разновидностей или значениям параметров.
Объект модели хранит отсеки как плоский список. Каждый отсек хранит информацию на своей собственной организации; другими словами, отсек имеет информацию, на котором отсеке он живет в (Owner) и кого он содержит (Compartments).
Плоский список отсеков в объекте модели позволяет вам отличаться способ, которым отсеки организованы в вашей модели, не делая недействительным выражений.
Чтобы добавить разновидности, которые участвуют в реакциях, добавьте реакцию на модель с помощью метода addreaction. Когда вы задаете реакцию с новой разновидностью:
Если никакие объекты отсека не существуют в модели, метод addreaction создает объект отсека (названный 'unnamed'
Если только один объект отсека существует в модели, метод создает объект разновидностей в том отсеке.
Если существует больше чем один объект отсека в модели, необходимо квалифицировать имя разновидностей с именем отсека.
Например, cell.glucose обозначает, что вы хотите поместить разновидности под названием glucose в отсек под названием cell. Кроме того, если отсек под названием cell не существует, процесс добавления, что реакция создает отсек и называет его cell.
Также создайте и добавьте объект разновидностей в объект отсека, с помощью метода addspecies в командной строке.
Когда вы используете рабочий стол SimBiology, чтобы создать новую модель, он добавляет пустой отсек (unnamed), в который можно добавить разновидности.
Можно задать реакции, которые пересекают отсеки с помощью синтаксиса compartment1Name.species1Name compartment2Name.species2Name
Кроме того, если реакция обратима затем существует два случая:
Если кинетическим законом является MassAction, и размерности скорости реакции скорости реакции являются концентрацией/временем, то продукты должны быть из того же отсека.
Если кинетическим законом не является MassAction, то и реагенты и продукты должны быть в том же отсеке.
См. Сводные данные Свойства для ссылок на страницы с описанием свойства отсека. Свойства задают характеристики объекта. Используйте getкоманды set
| addcompartment (модель, отсек) | Создайте объект отсека |
Методы для объектов отсека
| addcompartment (модель, отсек) | Создайте объект отсека |
| addspecies (модель, отсек) | Создайте разновидности, возражают и добавляют к объекту отсека в объекте модели |
| copyobj (любой объект) | Скопируйте объект SimBiology и его дочерние элементы |
| удалите (любой объект) | Объект Delete SimBiology |
| отображение (любой объект) | Отобразите сводные данные объекта SimBiology |
| findUsages (разновидности, параметр, отсек) | Узнайте, как разновидность, параметр или отсек используются в модели |
| доберитесь (любой объект) | Получите свойства объектов |
| переименуйте (отсек, параметр, разновидности, реакция) | Переименуйте объект и обновите выражения |
| переупорядочивание (модель, отсек, кинетический закон) | Переупорядочьте списки компонента |
| установите (любой объект) | Установите свойства объектов |
Свойства для объектов отсека
| Способность | Способность отсека |
| CapacityUnits | Полные единицы отсека |
| Отсеки | Массив отсеков в модели или отсека |
| ConstantCapacity | Задайте переменную или постоянную способность отсека |
| Имя | Задайте имя объекта |
| Примечания | Текст HTML, описывающий объект SimBiology |
| Владелец | Владение отсеком |
| Родительский элемент | Укажите на родительский объект |
| Разновидности | Массив разновидностей в объекте отсека |
| Тег | Задайте метку для объекта SimBiology |
| Ввод | Отобразите тип объекта SimBiology |
| UserData | Задайте данные, чтобы сопоставить с объектом |
AbstractKineticLaw object, Configset object, KineticLaw object, Model object, Parameter object, Reaction object, Root object, Rule object