Подготовьте объект модели к ускоренным симуляциям
sbioaccelerate(modelObj)sbioaccelerate(modelObj,csObj)sbioaccelerate(modelObj,dvObj)sbioaccelerate(modelObj,csObj,dvObj)sbioaccelerate(modelObj,csObj,variantObj,doseObj)sbioaccelerate( готовит объект модели к ускоренной симуляции с помощью ее активной конфигурации модели (configset), любых активных вариантов и активных доз. Модель SimBiology® может содержать несколько configsets с только одним являющимся активным в любой момент времени. Активный configset содержит настройки, чтобы использовать в образцовой подготовке к ускорению.modelObj)
Для ускоренных симуляций используйте sbioaccelerate прежде, чем запустить sbiosimulate. Необходимо использовать ту же модель и configset для обеих функций.
Повторно выполните sbioaccelerate, прежде, чем вызвать sbiosimulate, если вы изменяете эту модель, такую как изменяющиеся реакции или добавляющие события. Однако существуют исключения. Для получения дополнительной информации смотрите, Когда Повторно выполнить Ускорение.
Если вы используете SimFunction object для симуляций, он автоматически ускоряет модель на своей первой функциональной оценке. Следовательно не необходимо запустить sbioaccelerate заранее.
Чтобы подготовить ваши модели к ускоренным симуляциям, установите и настроить поддерживаемый компилятор. Для получения дополнительной информации смотрите Предпосылки для Ускорения Симуляций и Исследований.
sbioaccelerate( дозы использования или варианты, заданные modelObj,dvObj)dvObj и активным configset. dvObj может быть одним из следующего:
массив доз или вариантов
Если вы устанавливаете dvObj освобождать [], функция использует активный configset, активные варианты и активные дозы.
Если вы задаете dvObj как варианты, функция использует заданные варианты и активные дозы. Любые другие варианты проигнорированы.
Если вы задаете dvObj как дозы, функция использует заданные дозы и активные варианты. Любые другие дозы проигнорированы.
В настоящее время конкретный объект дозы может только быть ускорен с одной моделью. Вы не можете использовать тот же объект дозы для многоуровневых моделей, которые будут ускорены. Необходимо создать новую копию дозы для каждой модели.
sbioaccelerate( использует configset объект modelObj,csObj,dvObj)csObj и дозы или варианты, заданные dvObj.
Если вы устанавливаете csObj на [], то функция использует активный объект configset.
Если вы устанавливаете dvObj на [], то функция не использует вариантов, но использует активные дозы.
Если вы устанавливаете dvObj на варианты, функция использует заданные варианты и активные дозы. Любые другие варианты проигнорированы.
Если вы устанавливаете dvObj на дозы, функция использует заданные дозы и активные варианты. Любые другие дозы проигнорированы.
sbioaccelerate( использует configset объект modelObj,csObj,variantObj,doseObj)csObj, различный объектный или различный массив, заданный variantObj и объектом дозы или массивом дозы, заданным doseObj. Любой другой configset, дозы и варианты проигнорированы.
Если вы устанавливаете csObj на [], то функция использует активный объект configset.
Если вы устанавливаете variantObj на [], то функция не использует вариантов.
Если вы устанавливаете doseObj на [], то функция не использует доз.
Загрузите проект SimBiology, названный lotka, который содержит модель m1.
sbioloadproject('lotka','m1')
Подготовьте модель к ускоренной симуляции.
sbioaccelerate(m1);
Моделируйте модель с помощью различных начальных сумм разновидностей x.
x = sbioselect(m1,'type','species','name','x'); for i=1:5 x.initialAmount = i; sd(i) = sbiosimulate(m1); end
Постройте график результатов.
sbioplot(sd);
Загрузите демонстрационный проект SimBiology.
sbioloadproject radiodecay.sbprojДобавьте новую конфигурацию модели с помощью различного времени остановки 15 секунд.
csObj = addconfigset(m1,'newStopTimeConfigSet');
csObj.StopTime = 15;Подготовьте модель к ускоренной симуляции с помощью нового объекта configset.
sbioaccelerate(m1,csObj);
Моделируйте модель с помощью того же объекта configset.
sim = sbiosimulate(m1,csObj); sbioplot(sim);
Загрузите демонстрационный проект SimBiology.
sbioloadproject radiodecay.sbprojУвеличьте сумму разновидностей x на 100 молекул в 2 и 4 секунды путем добавления дозы расписания.
dObj1 = adddose(m1,'d1','schedule'); dObj1.Amount = 100; dObj1.AmountUnits = 'molecule'; dObj1.TimeUnits = 'second'; dObj1.Time = 2; dObj1.TargetName = 'unnamed.x'; dObj2 = adddose(m1,'d2','schedule'); dObj2.Amount = 100; dObj2.AmountUnits = 'molecule'; dObj2.TimeUnits = 'second'; dObj2.Time = 4; dObj2.TargetName = 'unnamed.x';
Подготовьте модель к ускоренной симуляции с помощью массива обеих доз.
sbioaccelerate(m1,[dObj1,dObj2]);
Моделируйте модель, не используя дозы или любого подмножества массива дозы, не имея необходимость повторно выполнять sbioaccelerate.
sim1 = sbiosimulate(m1); sim2 = sbiosimulate(m1,dObj1); sim3 = sbiosimulate(m1,dObj2); sim4 = sbiosimulate(m1,[dObj1,dObj2]);
Постройте график результатов.
sbioplot(sim1);
sbioplot(sim2);
sbioplot(sim3);
sbioplot(sim4);
Загрузите демонстрационный проект SimBiology.
sbioloadproject radiodecay.sbprojПолучите конфигурацию модели по умолчанию из модели.
defaultConfigSet = getconfigset(m1,'default');Увеличьте сумму разновидностей x на 100 молекул в 2 секунды путем добавления дозы расписания.
dObj = adddose(m1,'d1','schedule'); dObj.Amount = 100; dObj.AmountUnits = 'molecule'; dObj.TimeUnits = 'second'; dObj.Time = 2; dObj.TargetName = 'unnamed.x';
Подготовьте модель к ускоренной симуляции с помощью значения по умолчанию configset объектный и добавленный объект дозы.
sbioaccelerate(m1,defaultConfigSet,dObj);
Моделируйте модель с помощью того же configset и объектов дозы.
sim = sbiosimulate(m1,defaultConfigSet,dObj);
Постройте результат.
sbioplot(sim);
Загрузите демонстрационный проект SimBiology.
sbioloadproject radiodecay.sbprojДобавьте новую конфигурацию модели с помощью различного времени остановки 15 секунд.
csObj = m1.addconfigset('newStopTimeConfigSet');
csObj.StopTime = 15;Увеличьте сумму разновидностей x на 100 молекул в 2 секунды путем добавления дозы расписания.
dObj = adddose(m1,'d1','schedule'); dObj.Amount = 100; dObj.AmountUnits = 'molecule'; dObj.TimeUnits = 'second'; dObj.Time = 2; dObj.TargetName = 'unnamed.x';
Добавьте вариант разновидностей x с помощью различной начальной суммы 500 молекул.
vObj = addvariant(m1,'v1'); addcontent(vObj,{'species','x','InitialAmount',500});
Подготовьте модель к ускоренной симуляции с помощью configset, дозы и различных объектов. В этом случае третий аргумент sbioaccelerate должен быть различным объектом.
sbioaccelerate(m1,csObj,vObj,dObj);
Моделируйте модель с помощью того же configset, варианта и объектов дозы.
sim = sbiosimulate(m1,csObj,vObj,dObj);
Постройте результат.
sbioplot(sim);
