Используйте функцию dataset, чтобы импортировать табличные данные с именованными столбцами в массив, который можно использовать в подборе кривой и анализе в командной строке. Используйте эту функцию когда это необходимо, чтобы импортировать данные без интерпретации NONMEM® заголовков столбцов. Функция dataset позволяет вам задать аргументы пары параметра/значения, в которых можно задать опции, такие как тип разделителя, и содержит ли первая строка имена заголовка. Для получения дополнительной информации смотрите dataset.
Чтобы подготовить файл данных к импорту, удалите любые комментарии, которые присутствуют в начале файла.
Примеры:
% text files
data = dataset('file', 'tobramycin.txt')
% text files with . in place of missing values
data = dataset('file', 'tobramycin.txt', 'TreatAsEmpty', '.')% For Excel files
data = dataset('xlsfile', 'tobramycin.xls')Можно также создать массив dataset из переменных в рабочем пространстве MATLAB.
% Create a 10x2 array
x = rand(10,2);
% Construct a dataset array containing x
data = dataset({x(:, 1), 'Column1'}, {x(:,2), 'Column2'})
Если вы импортируете данные, когда отдельные переменные, содержащие, удваиваются, можно создать массив dataset путем конкатенации переменных.
% Create 2 10x1 vectors
x = rand(10,1);
y = rand(10,1);
% Construct a dataset array containing x and y
data = dataset({x, 'Column1'}, {y, 'Column2'})
Используйте функцию sbionmimport, чтобы импортировать данные из отформатированных файлов NONMEM. Чтобы импортировать данные без интерпретации NONMEM заголовков столбцов, смотрите, Импортируют Данные из Файлов.
Чтобы подготовить файл данных к импорту, удалите любые комментарии, которые присутствуют в начале файла и выбирают один из следующих методов, чтобы импортировать ваши данные:
Если файл данных содержит только значения заголовка столбца, показанные в Поддержке Импорта NONMEM Отформатированные Файлы, используйте синтаксис, показанный в следующем примере:
filename = 'C:\work\datafiles\dose.xls'; ds = sbionmimport(filename);
Если файл данных имеет метки заголовка столбца, отличающиеся от таблицы, показанной в Поддержке Импорта NONMEM Отформатированные Файлы, и вы хотите применить интерпретацию NONMEM заголовков:
Создайте объект определения файла NONMEM. Этот объект позволяет вам задать то, что заголовки столбцов в файле данных означают в SimBiology®. В следующем примере столбцом, содержащим значения ответа, является CP, тогда как в NONMEM отформатировал файлы, которые столбец маркирован DV.
Чтобы использовать tobramycin набор данных [1], создайте определение файла NONMEM, возражают и задают следующее:
def = sbionmfiledef;
def.DoseLabel = 'DOSE';
def.GroupLabel = 'ID';
def.TimeLabel = 'TIME';
def.DependentVariableLabel = 'CP';
def.MissingDependentVariableLabel = 'MDV';
def.EventIDLabel = 'EVID';
def.ContinuousCovariateLabels = {'WT', 'HT', 'AGE', 'SEX', 'CLCR'};Ваш файл может содержать любое имя для заголовков столбцов. Смотрите sbionmfiledef для списка свойств, которые можно сконфигурировать в объекте определения файла NONMEM.
Используйте функцию sbionmimport, чтобы импортировать ваш файл данных с определениями заголовка столбца, как задано в объекте определения файла NONMEM. Например, просмотрите к matlabroot/toolbox/simbio/simbiodemos/matlabroot является папкой, где MATLAB установлен).
[data, pkDataObject] = sbionmimport('tobramycin.txt', def, ...
'TreatAsEmpty', '.');Этот пример показывает вам, как получить объект PKData, PKDataObj, при импорте, поскольку вы будете использовать объект PKData в подборе кривой модели позже.
Функция sbionmimport принимает пары "имя-значение" свойства, принятые dataset. Например, если набор данных не содержит заголовки столбцов, используйте 'ReadVarNames', false, чтобы указать, что sbionmimport должен считать значения из первой строки файла.
Для получения информации о создании модели, чтобы соответствовать данным, смотрите, Создают Фармакокинетическую Модель Используя Командную строку.
Для получения дальнейшей информации о поддерживаемых форматах данных и функциях для того, чтобы импортировать данные в рабочее пространство MATLAB, см. Методы для того, чтобы Импортировать Данные (MATLAB).
Также можно импортировать данные с помощью Мастера Импорта MATLAB (см. Изображения Импорта, Аудио и Видео В интерактивном режиме (MATLAB). Используйте Мастер Импорта, чтобы импортировать данные как текстовые файлы (такие как .txt и .dat), MAT-файлы и файлы электронной таблицы, (такие как .xls).
Мастер Импорта MATLAB обрабатывает источник данных. Мастер распознает разделители данных, а также строку или заголовки столбцов, чтобы упростить процесс выбора данных и импорта в рабочее пространство MATLAB. Можно импортировать данные на рабочий стол SimBiology от рабочего пространства MATLAB.